交通部门的港航监督机构是对船舶污染实施监督管理的机关。
规划、卫生、环卫、市政公用、水利、交通、渔政监督、地质矿产、公安等部门，应当按照各自的职责，协同环境保护行政主管部门，对水污染防治实施监督管理。
第五条 一切单位和个人都有义务保护水环境，并有权对污染和损害水环境的行为进行监督检举。
因水污染危害直接受到损失的单位和个人，有权依法要求致害者排除危害和赔偿损失。
第二章 水污染防治监督管理
第六条 直接或间接向水体排放污染物的单位（以下简称排污单位），必须将水污染防治纳入本单位的工作或生产计划，严格执行国家或地方污染物排放标准。
第七条 建设单位新建、改建、扩建直接或间接向水体排放污染物的建设项目和其他水上设施，必须遵守下例规定：
（一）建设项目必须作环境影响评价，环境影响评价应当符合南京市水环境保护规划；
（二）向环境保护行政主管部门递交环境影响评价报告书（表）和《排放水污染物申报登记表》，办理审批手续；
（三）持经审批的建设项目环境影响评价报告书（表），到市、区、县环境保护行政主管部门办理水污染防治设施与主体工程同时设计、同时施工、同时投产的手续；
（四）建设项目的水污染防治设施必须经环境保护行政主管部门验收。验收未达到规定要求的，不得投入生产或者使用；
（五）国家和地方有关建设项目环境管理和其他规定。
第八条 需要拆除或闲置水污染处理设施的，必须提前向环境保护行政主管部门申报。环境保护行政主管部门，应当自接到申报之日起30日内予以批复。
第九条 排污单位排放水污染物的种类、数量和浓度发生以下重大改变的，必须及时向环境保护行政主管部门申报：
（一）排放一类污染物的；
（二）排放二类污染物超过国家或地方污染物排放标准二倍以上的；
（三）水污染物排放超过排污总量控制指标的；
（四）改变排放方式、排放去向的。
第十条 根据本市环境质量状况的需要逐步实行污染物排放总量的控制和排污许可证制度。对水环境功能保护区内的重点污染源和重点污染物的管理，实行排污许可证制度。
有下列情况之一的，环境保护行政主管部门有权中止或者吊销排污许可证：
