第十一条 水功能区划由市及区（市）水行政主管部门会同同级环境保护行政主管部门和有关部门拟定，报同级人民政府批准，并报上一级水行政主管部门和环境保护行政主管部门备案。
因社会经济条件和水资源开发、利用条件发生重大变化，需要对水功能区划进行调整时，由水行政主管部门按照权限会同环境保护行政主管部门和有关部门提出调整方案，报原批准机关批准。
第十二条 市及区（市）水行政主管部门应当按照水功能区对水质的要求和水体的自然净化能力，核定该水域的纳污能力，向同级环境保护行政主管部门提出该水域限制排污总量的意见。
市及区（市）水行政主管部门应当对水功能区的水质状况进行定期监测，发现污染物排放总量超过控制指标的，或者水功能区的水质未达到水域使用功能对水质要求的，应当及时报告人民政府采取治理措施，并向同级环境保护行政主管部门和城市供水行政主管部门通报。
第十三条 在河道和渠道上新建、改建或者扩大排污口，建设单位应当持有关文件和技术资料向水行政主管部门提出申请，由水行政主管部门按照以下权限进行审查：（一）在跨区（市）河道上新建、改建或者扩大排污口，由市水行政主管部门审查；（二）在其他河道和渠道上新建、改建或者扩大排污口，由所在区（市）水行政主管部门审查。
新建、改建或者扩大排污口经水行政主管部门审查同意后，由环境保护行政主管部门对该建设项目的环境影响报告书进行审批。
法律、法规对在河道和渠道上新建、改建或者扩大排污口另有规定的，从其规定。
第十四条 实行建设项目水资源论证制度。
下列建设项目，应当进行水资源论证，编制建设项目水资源论证报告书：（一）地表水日取水量五千立方米以上或者地下水日取水量三千立方米以上的农业取水的建设项目；（二）地表水日取水量一千立方米以上或者地下水日取水量五百立方米以上的工业与城镇生活取水的建设项目。
建设项目水资源论证报告书，应当包括以下主要内容：（一）建设项目概况；（二）取水水源及日取水量；（三）用水合理性论证；（四）退（排）水情况及其对水环境影响分析；（五）对其他用水户权益的影响分析；（六）其他事项。
