根据上述职责，省食品药品监督管理局设11个职能处（室）。
　　（一）办公室
　　协调机关日常政务，负责会议组织、文电处理、秘书事务、档案管理、史志撰写、新闻宣传、行政事务以及保密、安全保卫等工作；负责局机关行政经费、资产的管理工作；组织管理信息采集、信息网络建设、发布新闻、药品保健品质量公报及来信来访工作；负责局机关会议综合材料的起草和综合调研、规章制度建设等工作。
　　（二）政策法规处
　　根据国家有关法律和政策，负责起草、修订药品监督管理的地方性法规、规章和规范性文件并负责管理；组织开展药品监督管理法律法规的宣传教育；监督检查药品监督法律法规的实施；负责全省药品、医疗器械稽查人员执法证件的管理和执法行为的监督检查；负责药品监督管理法律、法规和政策性问题的咨询和答复工作；承担省食品药品监督管理局行政处罚听证、行政复议、行政应诉和行政赔偿等相关工作；负责本系统普法和法制宣传工作；利用监管手段，配合宏观调控部门贯彻实施国家医药产业政策。
　　（三）食品安全协调处
　　组织有关部门起草食品、保健品、化妆品安全管理工作规划并监督实施；依法行使食品、保健品、化妆品安全管理的综合监督职责。组织协调有关部门承担的食品、保健品、化妆品安全监督工作。做好食品、保健品、化妆品安全的检测、评价工作，指导、协调食品安全监测与评价体系建设，收集并汇总食品、保健品、化妆品安全信息，分析、预测安全形势，评估和预防可能发生的食品安全风险；会同有关部门起草食品、保健品、化妆品安全监管信息发布办法并监督实施。综合有关部门的食品、保健品、化妆品的安全信息并定期向社会发布；承担研究、协调食品安全统一标准的有关工作。
　　（四）食品安全监察处
　　组织协调有关部门健全食品、保健品、化妆品安全事故报告系统，依法组织开展对食品、保健品、化妆品重大事故的查处；根据省政府授权，组织协调开展食品、保健品、化妆品安全的专项执法监督检查活动；配合有关部门开展食品、保健品、化妆品重大事故应急救援工作；组织拟定省级食品安全重大技术监督方法、手段的科研规划并监督实施。
　　（五）药品注册处
　　监督实施国家和地方有关药品的法定标准和药品行政保护；初审新药、仿制药品、诊断药品、中药保护品种、新药临床试验、进出口药品；审批医疗机构制剂品种；负责起草、修订和颁布中药饮片炮制和医疗机构制剂规范；负责药品再评价和淘汰药品的初审工作；核发并管理医药包装材料（含容器）生产、经营企业许可证；负责指导全省药品检验机构的业务工作。拟订保健品市场准入标准，负责保健品的审批工作。

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