科技行政管理部门要将专利管理制度是否健全作为确定项目承担单位的重要条件。
三、各级管理专利工作的部门要配合科技行政管理部门，抓好与科技有关的专利管理工作。要指导科技项目承担单位抓好专利管理制度建设、专利申请、管理、实施和保护工作。要加大专利宣传培训工作力度，提高科技项目承担单位的专利意识，提高其运用专利制度的能力和水平。
四、申请承担应用基础、应用开发研究（以下简称“应用研究”）项目的，应当明确项目完成后拟达到的专利授权或申请目标，或者法律法规规定只能以其它方式实施保护的知识产权目标。
五、申请承担应用研究项目的单位，应当对拟申请项目所涉及的技术领域的中外专利信息进行检索、分析，提高研发起点，避免低水平重复研究；在申请立项时，应当向科技行政管理部门提交专利检索情况的说明。
重大科技项目申请立项，申请单位应当提交专利检索报告。
管理专利工作的部门要创造条件，及时为科技项目承担单位进行专利检索提供服务。
六、科技行政管理部门在组织应用研究的立项评审过程中，要把申请项目的专利目标、专利检索情况作为评审内容，把预期科技成果是否具备
专利法意义上的新颖性、创造性和实用性作为是否立项的依据之一。
对已经获得发明专利特别是原创性发明专利的二次专利研发项目，可以优先给予立项。
七、应用研究项目立项后，要在项目合同中明确约定项目承担单位管理、保护研究成果专利权的义务，在可能的情况下，应在遵循自然科学发展规律的前提下，明确预期申请专利的数量和种类，作为项目鉴定验收的内容之一。
八、在项目执行过程中，项目承担单位要善于利用专利信息确定研究方向和技术路线；要适时跟踪相关技术领域的专利信息动态，及时调整研究策略和措施。如发生原定技术目标已被他人申请专利，失去继续研究价值的，应当及时向科技行政管理部门报告，重新调整研究方案或者终止该项目的研究工作。
九、项目承担单位在项目执行过程的各个阶段和项目完成后所取得的技术成果，应根据其技术水平和市场前景，选择专利申请的类型、国家和地区，及时申请专利保护。法律法规规定只能申请植物新品种、集成电路布图设计，或只能登记计算机软件保护的，从其规定。对于他人难以获得且不易被“反向工程”破译的技术成果，可以作为技术秘密予以保护。
