我省农村信用社改革的主要内容是：以法人为单位，改革农村信用社产权制度，明晰产权关系，完善法人治理结构，区别各类情况，确定不同的产权形式；改革农村信用社管理体制，将农村信用社的管理交由省级人民政府负责；转换农村信用社的经营机制，改善支农服务。一要加强管理体制改革，按照国务院15号文件精神，组建“云南省农村信用社联合社”，在省政府领导下负责对全省信用社和农合行进行管理、指导、协调和服务。二要抓好产权制度改革，坚持合作制为主，在条件具备的地区积极推行股份合作制，组建一批农村合作银行；大部分县实行统一法人；少数经济不发达县的信用社继续保留县乡两级法人。三要强化约束机制，增强服务功能，建立健全激励和约束机制，进一步增强和完善信用社和农合行的服务功能。
三、落实政策，加大对农村信用社的扶持力度
(一)落实好国家扶持政策
1．对1994—1997年期间亏损信用社，因执行国家宏观政策开办保值储蓄而多付的保值贴补息，由国家财政在三年内拨补。
2．从2004年1月1日起至2006年底，对中西部地区的信用社一律免征企业所得税；从2004年1月1日起，对信用社的营业税按3％的税率征收。
3．人民银行对信用社实际资不抵债数额的50％，通过发行专项票据和发放专项借款两种方式，帮助信用社消化历史包袱。我省选择专项中央银行票据，用于置换信用社和农合行的不良资产和历年挂帐亏损。
(二)我省扶持措施
1．省政府一次性补助省联社500万元开办费。
2．中央从2004年1月1日起，对试点地区农村信用社的营业税按3％税率征收，我省从2005年1月1日起，以2004年对信用社按3％征收的营业税为基数，2005—2007年新增部分补助给信用社，用于冲销历年亏损挂帐和不良贷款。
3．建立省级风险基金，防范和化解信用社、农合行的金融风险。省级风险基金来源，一是省政府每年补助800万元，连续三年；二是从其他渠道筹集1．2亿元资金。省级风险基金由省联社统一存储管理，由省级财政部门实施监管，使用时由省级财政部门报经省政府批准，方可用于对信用社和农合行的金融风险处置。
4．对部分达不到专项中央银行票据兑付条件的困难信用社和农合行，地方政府采取措施，帮助解决不良贷款或提高资本充足率。
5．免收省联社、县级统一法人社、农合行的注册登记费；对信用社清收、接收和处置不良贷款过程中发生的各种税费在省政府权限内给予减免。
