各区（县）局、分局应由主管业务科设专人负责对受理机关报送的减免税申报初审资料进行复审，主管局长负责审核确认。有关工作内容和具体程序同初审环节的规定。
各区（县）局、分局一般应于7个工作日内出具审核意见。其中，业务科受理人员3个工作日，审核人员（科长或主管科长）2个工作日、审核确认人员（主管局长）2个工作日。对审核数量较多或情况较复杂的可延长审核时间，但最长不得超过15个工作日。经主管局长审核确认后，主管业务科将《契税核定通知书》加盖局章后，连同全部申报审核资料一并退税务所，转入告知程序。
须由北京市地方税务局审核的，将全部申报审核资料报送市局主管业务处室。
（四）市局再审
北京市地方税务局主管业务处应设专人负责对各区（县）局、分局报送的减免税申报审核资料进行复审，主管局长负责审核确认。有关工作内容和具体程序同上。
北京市地方税务局主管业务处应自收到齐全的减免税申报审核资料后，于7个工作日内办完审核手续。其中，业务处受理人员3个工作日，审核人员（处长或主管处长）2个工作日、审核确认人员（主管局长）2个工作日。对情况特殊或较为复杂，需请示国家税务总局的，应在15个工作日内办完有关请示手续。经主管局长审核确认后，主管业务处将《契税核定通知书》加盖局章后，连同全部申报审核资料一并退回区（县）地税局、分局，区（县）地税局、分局将资料退回税务所，转入告知程序。
（五）告知
1.补充证明资料的告知。
需纳税人补充证明资料的，主管税务所应及时将《契税减免税申报补正资料告知书》及纳税人提供的申报资料一并退还。税务所需留存纳税人的《契税减免税申报表》、《附送资料清单》、《契税减免税申报补正资料告知书》复印件，待纳税人按要求补充齐全资料时进行核对，符合条件的返回受理审核程序，已填写的《契税减免税申报表》和《契税减免税申报受理通知书》有效，审核时间自受理人员收到齐全的减免申报资料时起，按规定时间自动顺延。
2.减免税审核意见的告知
主管税务所收到区（县）地税局、分局退回的减免税申报审核资料时，应将《契税核定通知书》及时送达纳税人。对减免税申报未予通过审核的，需告知纳税人应征税额并转入征收税款程序。
第十二条 契税减免税，实行逐级备案制度。
经北京市地方税务局审核的减免税申报项目，由北京市地方税务局在办理减免手续完毕之日起30日内，将《契税减免申报表》报送国家税务总局备案；由各区（县）地税局、分局、税务所审核的项目，由各区（县）地税局、分局自行制定备案办法。
