（3）结清税款阶段。经主管税务机关受理后，纳税人已预缴的税款少于全年应缴税款的，应在年度终了后4个月内结清应补缴的税款。
纳税人不按规定期限办理申报、拒不申报或不按规定期限结清税款的，主管税务机关应严格依照《
中华人民共和国税收征收管理法》的有关规定予以处理。
2．税务机关工作程序
（1）准备阶段。企业所得税汇算清缴工作是企业所得税征收管理工作中的一项重要内容，是对全年企业所得税征管工作的总结和征管质量的检查，各级税务机关要精心组织汇算清缴工作。要明确一位分管局领导主抓这项工作。各科、所要落实专人负责，认真做好年度申报和汇算清缴的各项工作。
各级税务机关要根据所辖纳税人的数量、分布情况，税务机关人员情况，对汇算清缴工作进行安排和部署。要组织好内部学习，全面准确掌握企业所得税政策法规，特别是涉及纳税调整和当年新出台的政策法规。要通过多种形式组织汇算清缴的宣传辅导工作，使纳税人掌握汇算清缴程序，提高纳税人的办税能力。要选派业务素质较好的人员为纳税人提供咨询服务，解答纳税人在办理年度企业所得税申报过程中遇到的政策以及技术性问题，为纳税人提供优质服务。主管税务机关要及时向纳税人发放汇算清缴的有关表、证、单、书。
各级税务机关对按规定受理的纳税人涉税审核审批事项，均应按规定时间，在纳税人年度申报之前办理完毕。
（2）受理阶段。主管税务机关应及时认真审核纳税人报送的《年度申报表》及有关资料是否齐全，并出具相应的受理凭证。
各级税务机关对应申报而未申报的纳税人，要认真调查核实，及时采取措施，杜绝汇算清缴的盲区或漏报户。
（3）审核阶段。主管税务机关对纳税人提供的申报资料是否齐全有效，申报的项目是否完整，是否符合逻辑和勾稽关系，是否享受了国家规定的优惠政策，是否符合减免税条件，是否进行纳税调整，适用税率是否准确等内容进行审核。
（4）结清税款阶段。主管税务机关经审核后，对纳税人预缴税款超过应缴税款的，应在规定期限内办理退税、或者抵缴下一年度应缴纳税款手续。
（5）汇总报表阶段。各级税务机关应组织人力做好汇算清缴就户数据录入、校对和汇总工作，保证汇总数据的准确性。
（6）总结分析阶段。汇算清缴工作结束后，主管税务机关应将纳税人报送的《年度申报表》及其附表、会计决算报表及主管税务机关要求报送的其他有关资料，及时进行归集整理。对纳税人申报纳税情况进行评估、分析，为企业所得税的检查和管理工作提供线索和建议。
