乡（镇）卫生院由政府举办，每个乡有一所卫生院。卫生院的人员、业务、经费等划归县（区）级卫生行政部门按职责管理。要积极推进乡（镇）卫生院运行机制改革，探索搞活卫生院的多种运营形式，要在全县（区）或更大范围内公开招聘乡（镇）卫生院院长，竞争上岗，实行院长任期目标责任制，保证其相应待遇，并将其工资和医疗保险单位缴费部分列入财政预算。实行全员聘用制，形成有生机活力的用人机制和分配激励机制，提高乡（镇）卫生院的工作效率。
（四）提高农牧区卫生人员素质。
鼓励医学院校毕业生和城市卫生机构的在职或离退休卫生技术人员到农牧区服务。建立健全继续教育制度，加强农牧区卫生技术人员业务知识和技能培训，鼓励有条件的乡村医生接受医学学历教育。对卫生技术岗位上的非卫生技术人员要有计划清退，对达不到执业标准的人员要逐步分流。到2005年，乡（镇）卫生院临床医疗服务人员要具备执业助理医师及以上执业资格，其他卫生技术人员要具备初级及以上专业技术资格。
（五）发挥中医药在农牧区卫生服务中的优势与作用。
合理配置卫生资源，加强乡（镇）卫生院中医科建设，为农牧区中医药发展提供必要的物质条件，逐步形成中医特色和优势。加强乡村医生的中医药知识和技能培训，培养一批具有中医执业助理医师以上资格的农牧区中医骨干。鼓励农牧区临床医疗服务人员兼学中医并应用中医药诊疗技术为农民服务。在规范农牧区中医药管理和服务的基础上，允许乡村中医药技术人员自种、自采、自用中草药。要认真发掘、整理和推广民族医药技术。
（六）促进农牧区药品供应网络建设。
乡（镇）卫生院为村级卫生机构统一代购药品，但代购方不得以谋利为目的。有条件的地区可试行药品集中招标采购。
四、加大农牧区卫生投入力度
（一）政府卫生投入要重点向农牧区倾斜。
各级人民政府要逐年增加卫生投入，增长幅度不低于同期财政经常性支出的增长幅度。从2003年起到2007年，市、县（区）级人民政府每年增加的卫生事业经费应主要用于发展农牧区卫生事业，包括卫生监督、疾病控制、妇幼保健和健康教育等公共卫生经费和农牧区卫生服务网络建设资金等。对县级预防保健机构人员工资及乡镇卫生院编制人员工资实行全额补助。对集体办村卫生室的乡村医生、保健员给予每人每月不低于80元的报酬补助。
（二）合理安排农牧区卫生机构经费和建设资金。
县（区）级人民政府负责安排政府举办的农牧区卫生机构开展公共卫生和必要的医疗服务经费、离退休人员费用和发展建设资金。市级财政对贫困地区农牧区卫生机构基础设施建设和设备购置给予补助。
