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全部免征农业税改革试点的主要内容是“一个免征、三项改革、六个完善”。
（一）落实全部免征农业税政策。
从2004年度起，全部免征农民、国有农场、监狱劳教农场、军队划转地方农场、林场、其他从事农业生产的单位和个人的农业税及附加。全部免征农业税后，不得再变相收费。
农村税费改革以来（2002年至2003年），纳税人依法应缴的农业税及附加尾欠，要区别对待：对有缴纳能力而未缴的纳税人，要继续依法征收；对确无完税能力的贫困农户，经村民大会或村民代表大会讨论，到会半数以上人员同意，乡镇财政所审核批准，予以减征或免征。
对农村税费改革前（含2001年）农民的税费尾欠，要进行核实、登记、归类。不符合有关政策规定的要予以核销，不得再向农民追缴；符合减免规定的要及时给予减免；符合政策规定的要登记造册，暂缓清收，以后再作处理；确有困难的，按规定程序审核批准，予以减征或免征。
对因执行全部免征农业税及附加政策给县（市）、乡（镇）财政和村级组织带来的减收，由省级财政给予适当的转移支付补助。对县（市）、乡（镇）未列入农业税决算的计税面积及计征税额，因全部免征农业税及附加而造成的财政和村级组织减收，要分清性质和责任，原则上由各地自行消化解决。
（二）改革乡镇机构。
合理进行职能定位。乡镇政府要适应建立社会主义市场经济体制和深化农村税费改革的形势要求，由管理型向服务型转变。主要职能是：贯彻落实党的路线、方针和政策；维护农村社会稳定；负责农村社会管理、公共服务和社会化服务体系建设；引导农村劳动力转移和就业；发展农村社会公共和集体公益事业；推动农村经济发展等。
重新调整机构设置。乡镇党政机构要按照“精简、统一、效能”的原则，根据工作职能的变化和乡镇规模大小，设置2个综合办公室或只设少量综合性岗位。乡镇人大和工会、共青团、妇联等群众团体的日常工作由综合办公室设置专职岗位承担。
乡镇事业单位承担的行政职能，一律并入乡镇相关的综合办公室。乡镇可根据工作需要设置农业技术综合服务中心、农村经济管理服务中心或畜牧兽医服务中心，具体设置由县（市）政府根据实际需要自行确定，原则上不能超过3个。有条件的地方，乡镇可以不设事业性中心，由县（市）按专业整合技术力量，分区域设立事业性中心。乡镇卫生院的事权、人权和财权统一上收到县级政府卫生行政部门管理。乡镇卫生院与计划生育服务中心可以分设；人口少、计划生育工作任务不重的乡镇也可以合并，实行资源共享，具体如何设置由县（市）政府根据实际情况确定。今后，乡镇政府不再新设自收自支事业单位。
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