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市外经贸局：负责国外企业的邀展、招商工作，组织境外有关企业参加绿博会的绿化贸易和交流。
市交通局：负责绿博会期间开辟和协调高速公路和航道的绿色通道，组织协调境内外各参展团展品到宁后的运输工作，组织协调参展团代表长江游览观光。
市物价局：负责绿博园门票的定价审核、审批。
市体育局：负责组织协调各参展团团长参加十运会开幕式，组织各参展团团长观摩十运会南京赛区的重要赛事。
市规划局：负责绿博园的总体规划和建筑设计方案的审核、审批。
市地税局：组织协调绿博会期间花卉苗木交易会有关税务方面的工作。
市市容局：负责“绿博会”的环境保障工作，协调绿博会公益宣传牌的审批工作并为之提供便利，负责绿博会开闭幕式全市大环境亮化工作。
市公安局：负责开闭幕式及专场文艺演出的安全保卫工作。负责绿博会期间参展车辆通行证的发放，负责开闭幕式的交通组织，开辟绿色通道。
市台办：负责联系台湾地区参展的邀请工作，负责邀请台湾地区参加绿博会大型室外景点和室内景点的展示活动，邀请台湾地区的专家、学者和客商参加绿博会的开幕式及“人与自然可持续发展绿色论坛”（市长绿化论坛），负责协助市委宣传部做好与台湾地区媒体的协调工作。
市科技局：负责牵头组织绿博会“人与自然可持续发展绿色论坛”（市长绿化论坛）工作，负责绿色产品、绿化信息、绿化技术的展示、交流和科技推广工作。负责组织邀请国外插花选手进行现场制作表演。
市水利局：负责协调绿博园建设过程中涉及水利方面的审查、审批工作，协调绿博园建设中涉及保护江堤的有关事宜。
团市委：负责组织志愿者参与绿博会的服务工作，组织团员青年参加绿博园纪念林植绿活动。
市外办：负责联系邀请我市国际上友好城市的参展工作，邀请友好城市参加绿博会大型室外景点和室内景点的展示活动，邀请友好城市的官员、专家、学者参加绿博会的开幕式及“人与自然可持续发展绿色论坛”（市长绿化论坛）。负责联系邀请友好协会、民间团体参与绿博会的各项展示活动，负责协助市委宣传部做好与海外媒体的协调工作。
市贸促会：负责对外招商，邀请、吸引境外绿化企业参展和参加绿化产品的交易活动。
中山陵园管理局、雨花台烈士陵园管理局：负责绿博会期间与会代表参观的接待服务工作，组织制作室外景点和有关参展项目。
绿博会期间，由市筹备工作领导小组统一安排各成员单位对口负责接待各参展团，具体工作市筹备工作领导小组另行安排。
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