第十四条 在天然水域从事捕捞的单位和个人，必须向县级以上人民政府渔业行政主管部门申请捕捞许可证，并依法缴纳渔业资源增殖保护费。
第十五条 下列水域实行常年禁渔和季节性禁渔，但必须在禁渔区、禁渔期内捕捞特殊品种鱼类的除外。
常年禁渔区为：开都河及伸入博斯腾湖半径2公里范围内的水域；博斯腾湖泵站引水渠口伸入湖区半径1公里范围内的水域；乌伦古河福海水文站以下河段及伸入吉力湖半径2公里范围内的水域；引额济海渠道；乌伦古湖73公里原小海子水域、中海子水域、骆驼脖子水域、莫合台后泡子水域。
季节性禁渔期：博腾湖每年3月1日至6月20日；乌伦古湖每年4月1日至7月31日；伊犁河干支流河道每年2月15日至5月31日；额尔齐斯河干支流河道每年4月1日至6月30日。
第十六条 重点保护的渔业资源种类、天然水域鱼类的起捕标准、渔具的网目规格、作业方式，由自治区渔业行政主管部门规定并公布实施。
第十七条 在具有较高经济价值和遗传育种价值的水产种质资源的主要生长繁育区域，应当建立水产种质资源保护区。
水产种质资源保护区，由自治区渔业行政主管部门提出方案，报自治区人民政府批准后公告实施。
未经自治区渔业行政主管部门批准，不得在水产种质资源保护区内从事捕捞活动。
第十八条 向天然水域投入水生动植物新物种的，应当向自治区渔业行政主管部门提交科学论证报告，经过生态安全评估后可行的，方可进行；禁止投放未经科学论证、生态安全评估的水生动植物新物种。
对投放的新物种，县级以上人民政府渔业行政主管部门应当加强跟踪检查。
第十九条 禁止捕捞有重要经济价值的水生动物苗种和怀卵亲体。因科研、教学、繁育等特殊需要必须捕捞的，应当经自治区渔业行政主管部门批准，在指定的区域、时间内，按照限额捕捞。
第二十条 禁止向渔业水域排放、倾倒、弃置超过国家规定标准的污染物和废弃物。在重要渔业水域和水产养殖、水产种植资源保护区内不得新建排污口，对原有排污口应当按规定限期进行治理。
