(一)办公室
协调机关日常政务，管理机关行政事务，负责会议组织、文电处理、秘书事务、档案管理和信访、保密、保卫等工作；组织建立业务信息系统，承担统计、综合信息管理工作；负责有关新闻发布和宣传报道工作；负责局机关的资产和财务管理；负责配合宏观调控部门贯彻实施国家食品和医药产业政策。
(二)政策法规处
起草药品、医疗器械监督管理地方性法规，组织拟定、修订规范性文件；组织协调有关部门起草食品、保健品、化妆品安全管理方面的地方性法规，并拟定综合监督政策；负责行政执法监督，组织本机关听证工作，承担行政复议、应诉和赔偿等工作；指导本系统法制建设。
(三)食品安全监察与协调处
组织有关部门拟订食品、保健品、化妆品安全管理的工作规划并监督实施；依法行使食品、保健品、化妆品安全管理的综合监督职责，组织协调有关部门承担的食品、保健品、化妆品安全监督工作；综合协调食品、保健品、化妆品安全的监测与评价工作，指导、协调食品安全监测与评价体系建设；收集并汇总食品、保健品、化妆品安全信息，分析、预测安全形势，评估和预防可能发生的食品安全风险；会同有关部门制定食品、保健品、化妆品安全监管信息发布办法并监督实施，综合有关部门的食品、保健品、化妆品安全信息并定期向社会发布；承担研究、协调食品安全统一标准的有关工作；组织协调有关部门健全食品、保健品、化妆品安全事故报告系统；依法组织开展对重大事故的查处；根据省人民政府授权，组织协调开展食品、保健品、化妆品安全的专项执法监督检查活动；研究拟订食品、保健品、化妆品重大事故的各种应急救援预案，组织协调和配合有关部门开展应急救援工作；组织拟订省食品安全重大技术监督方法、手段的科研规划并监督实施；监督实施保健品生产的许可标准；负责保健品广告的审核。
(四)药品注册处
监督实施国家和地方药品法定标准，负责新药、已有国家标准药品、中药保护品种和直接接触药品包装用材料及容器的注册初审工作；负责对接受境外制药厂商委托的境内药品生产企业药品加工出口的审批；负责医疗机构制剂、药用辅料的注册工作；负责医疗机构制剂省内调剂审批与管理；负责对全省生产药品、医疗机构制剂的再注册工作；负责新药临床试验的监督管理；初审临床药理基地；初审并推荐国家基本药物目录和非处方药物目录；监督实施
药物非临床研究质量管理规范、临床试验质量管理规范；拟定、修订药品地方习用药材的质量标准、中药饮片炮制和医疗机构制剂质量标准；监督实施保健品市场准入标准，负责保健品的初审工作；指导全省药品、药品包装材料检验机构的业务工作。
