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自治区畜禽产品质量安全检验测试中心和自治区水产品质量安全检验测试中心的职能是：受委托承担农业部、自治区水产畜牧局下达的兽药残留、违禁药品抽检和养殖基地水质环境抽检工作；承担与无公害养殖业产品生产基地认定、产品质量安全认证和认可检测等有关工作；开展养殖业产品质量安全的风险评估；承担检测技术标准的制（修）订工作；开展养殖业产品质量安全动态研究和国内合作交流；承担养殖业产品质量安全和水质环境污染方面的事故调查、纠纷调查、鉴定和评价；承担有关委托检验和仲裁检验；承担养殖业产品质量安全方面的技术培训和指导；承担农业部和自治区水产畜牧局下达的其他业务性工作。
市级养殖业产品质量安全检验检测中心的职能：业务上接受自治区畜禽产品质量安全检验测试中心和自治区水产品质量安全检验测试中心的指导，受委托承担自治区下达的养殖业产品质量安全监督抽查工作；负责养殖业产品市场准入检验检测工作；承担其他委托检验工作；负责对县级监测站进行技术培训和指导。
县级监测站的职能：承担养殖业产品质量安全日常监督检验工作；开展养殖业产品质量安全标准的宣传和检测技术的培训；承担县级以上水产畜牧行政主管部门委托的养殖业产品质量安全检测工作，负责对规模养殖场和批发市场开展的养殖业产品质量安全自检工作进行指导。
标准推广体系建设：进一步建设和完善现有的自治区、市、县、乡四级畜牧兽医（水产）技术推广机构，建立和培养一支由自治区、市、县、乡四级畜牧兽医（水产）技术人员组成的养殖业标准化工作队伍，把推广养殖业标准化生产技术作为养殖业技术推广、技术培训的主要内容来抓，大力推广农业部发布的《无公害食品畜禽饮用水水质》、《无公害食品生猪饲养兽药使用准则》、《无公害食品渔用配合饲料安全限量》等95项无公害食品行业标准和已经发布的72项广西地方标准，逐步做到按无公害食品标准组织生产。将养殖业标准化生产工作与“跨世纪青年农民科技培训工程”、“绿色证书工程”等培训计划有机结合起来，推动养殖业标准化生产。加快兽药残留等有毒有害物质快速检测仪器设备、检测方法的筛选对比和推广，抓好新品种、新技术、新产品的研究、开发和推广工作。开展养殖业标准化生产工作要特别注重发挥龙头企业、专业协会和合作经济组织的作用，促进其自律机制的建立。鼓励大中专院校的相关专业开设养殖业标准化知识课程。
大力开展标准化知识培训和普及工作，增强管理者、生产者、经营者和消费者的标准化意识，提高企业和农民的标准化生产水平。在3年内培训水产畜牧系统标准化管理人员和技术干部3000人次，培训行业协会组织人员和养殖大户10000人次，培训农民5万人次；5年内完成培训水产畜牧系统标准化管理人员和技术干部6000人次，培训行业协会组织人员和养殖大户15000人次，培训农民10万人次的任务。
认证体系建设：组建广西养殖业产品质量安全中心，承担无公害产品生产基地认定、无公害产品认证和标识管理等具体工作。在涉渔涉牧企业推行GMP（良好操作规范）、HACCP（危害性分析与关键点控制）、IS09000系列标准（质量管理和质量保证体系系列标准）、IS014000系列标准（环境管理和环境保证体系系列标准）认证和管理工作，并与绿色食品、有机食品的生产认证工作结合起来。在2004年年底前，对所有的出口水产品原料生产基地实行注册管理，并于2005年年底前完成对出口水产品生产基地认定，2007年以前完成其产品认证。
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