第十条 从2004年起，逐年提高科技三项经费占财政预算支出的比重，五年内科技三项经费每年按不少于50%的比例重点投向医药新技术、新产品开发，主要用于资助新药研发。
独立核算的医药研究开发机构及高等院校，其技术转让以及在技术转让过程中发生的与技术转让有关的技术咨询、技术服务、技术培训所得，暂免征收企业所得税。
对单位和个人（包括外商投资企业、外商投资设立的研究开发中心、外国企业和外籍个人）从事医药技术转让所取得的收入，免征营业税。对其所缴纳企业所得税及个人所得税市级留成部分，由专项资金给予100%的扶持。
第十一条 新建医药行业企业，投资额1亿元人民币（含1亿元）以上的，其增值税和所得税的省、市级留成部分，作为投资连续五年全部投入该项目。投资额在1亿元人民币以下的，自投产之日起，其增值税和所得税市级留成部分，五年内由专项资金给予100%的扶持。
第十二条 经市科技部门认定的医药类高新技术企业和项目，自认定之日起三年内，所缴纳营业税、企业所得税、增值税的市级留成部分，由专项资金给予100%的扶持，之后五年由专项资金给予50%的扶持。
地产地销增值税优惠政策取消后的四年过渡期内，以2003年实缴数为基数，本市医药企业当年新增增值税的市级留成部分，由专项资金给予100%的扶持。
第十三条 新建医药行业企业经法定程序取得的科研、生产用地，可以采取分期付款等灵活方式来支付土地价款，其缴纳的土地出让金中征地成本费用外的出让金部分，由专项资金给予一定比例的扶持；对新建或新购置的生产经营场所，自建成或购置之日起，对其所缴纳的房产税市级留成部分，经税务部门核准，专项资金五年内给予100%的扶持。新建、技改、扩建医药研究、生产项目（不含医药企业建设的经营性项目、居住、办公、商贸项目），五年内一律免交市政建设配套费。
第十四条 医药企业进行联合、兼并、收购、资产重组，以其原有房产、地产或以收购的房产、地产作价，投入到所投资、联合、收购企业或研究机构，参与利润分配，共同承担投资风险的，不征营业税及暂免征土地增值税。
第十五条 对医药企业为进行GMP技术改造及引进先进生产工艺、技术和设备的贷款，两年内给予50%贷款贴息。
