违反本办法第十四条规定，向食用农产品的生产基地和其他生产场所排放重金属、硝酸盐、油类、酸液、碱液、剧毒废液、放射性废水和未经处理的含病原体的污水，倾倒、填埋有害的废弃物和生活垃圾的，由环境保护行政部门按照《
上海市环境保护条例》第
五十二条规定予以处罚，或者由农业行政部门按照《
中华人民共和国基本农田保护条例》第
三十三条规定予以处罚。
违反本办法第十五条第二款规定，在畜禽、牛奶、水产品生产过程中，未按照国家和本市的规定合理使用有关兽药、饲料和饲料添加剂的，由兽药饲料监督部门责令停止使用，并根据情节，处以3万元以下的罚款。
违反本办法第十六条第二款规定，生产基地在生产活动中未建立、未按照规定建立质量记录规程或者假造质量记录规程，致使无法追溯农药、肥料、兽药、饲料和饲料添加剂等生产资料的使用情况的，由农药肥料或者兽药饲料监督部门责令改正；拒不改正的，可处以1000元以上5000元以下的罚款。
违反本办法第十七条第三款规定，经初级加工、有包装的食用农产品，未在产品包装物上标注其产品的加工单位和原生产基地的，由质量技术监督部门予以警告，并责令改正。
违反本办法第二十一条第一款、第三十三条规定，未依法进行无害化处理的，按照《
中华人民共和国动物防疫法》第
四十六条规定予以处理。
违反第二十二条第（一）项规定，在食用农产品生产活动中，使用甲胺磷等剧毒、高毒、高残留农药的，按照《
中华人民共和国农药管理条例》第
四十条规定予以处罚。
违反本办法第二十二条第（二）项规定，使用“瘦肉精”、孔雀石绿等有害物质作为兽药、饲料和饲料添加剂的，由兽药饲料监督部门责令停止使用，并根据情节，处以3万元以下的罚款。
