（九）负责市南水北调配套工程建设质量、施工安全的监督管理；协调解决市南水北调配套工程建设中的重大技术问题；组织市南水北调配套工程的阶段性验收工作。
（十）组织制订并实施市南水北调配套工程特许经营方案。
（十一）负责市南水北调工程建设的有关宣传及与国内外的合作与交流工作。
（十二）承办市政府及北京市南水北调工程建设委员会交办的其他事项。
二、内设机构
根据上述职责，市南水北调办内设4个处。
（一）综合处
负责本机关政务工作；负责公文处理、信息、议案、建议、提案和信访、档案、保密、接待联络以及重要会议的组织工作；组织起草有关重要文稿；负责重要文件和重要会议决定事项的督查工作；负责宣传报道工作；协助有关方面为市南水北调工程建设引进资金和技术；负责内部的审计工作。
（二）投资计划处
负责市南水北调工程年度开工项目及投资规模的汇总；提出市南水北调工程预备费项目、投资结余使用计划以及因政策调整和不可预见因素增加的工程投资等建议；负责组织研究市南水北调配套工程规划、项目建议书和可行性研究报告以及初步设计等前期的有关工作；根据核定的工程投资总量和下达的年度投资计划，负责市南水北调配套工程项目建设年度投资计划的组织实施和监督管理，协调、平衡市南水北调配套工程投资计划和工程进度；组织制订并实施市南水北调配套工程特许经营方案。
（三）财务处
研究提出有关年度建设资金预算；参与市南水北调主体工程建设资金筹措工作；负责市南水北调配套工程建设资金的筹措、管理和使用；组织投资控制风险分析；参与市南水北调工程基金方案及基金征收管理办法、经济运行机制、供水水价方案的研究工作；负责本机关的预算编制及财务、资产的管理工作。
（四）工程管理处
协助、配合国家有关部门对市南水北调主体工程的监督检查和稽察工作；负责市南水北调工程项目内环境保护、生态建设的协调，参与指导、监督市南水北调工程项目内文物保护；组织市南水北调工程建设的有关科研工作；研究制定市南水北调配套工程建设的地方性技术标准；负责市南水北调配套工程建设质量、施工安全的监督管理，协调解决市南水北调配套工程建设中的重大技术问题，组织市南水北调配套工程的阶段性验收工作；参与市南水北调工程建设期间水量调度方案的编制。
