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高致病性禽流感应急工作由政府统一领导，有关部门分工负责。
畜牧兽医部门具体协调指挥和指导有关部门和单位参加疫情的控制和扑灭工作；负责疫情监测、流行病血调查、疫源追踪，对疫情作出全面分析，并制定疫情控制和扑灭的技术方案；划定疫点、疫区和受威胁区，提出封锁建议并参与组织实施；监督、指导对疫点内禽类的扑杀，禽类尸体和禽产品的无害化处理，疫区(点)内污染物等实施消毒和无害化处理，饲养场所及周围环境的消毒等工作：组织对疫区、受威胁区易感禽类进行紧急免疫接种；对疫区、受威胁区的易感禽类的饲养和经营，及其禽类产品的生产、贮藏、运输、销售等活动进行监测、检疫和监督管理；按照农业部高致病性禽流感疫情报告制度的要求，及时、准确的报告疫情，并根据权限向相邻地区通报疫情情况；建立紧急防疫物资储备库，储备足够的疫苗、药品、诊断试剂、器械、防护用品、交通及通讯工具等；对封锁、扑杀病禽和同群禽、无害化处理病(死)禽和同群禽(包括污染物)、消毒、紧急免疫接种等所需费用及补贴所需资金作出评估，并提出资金使用计划；建立突发疫情处理预备队，培训兽医专业技术人员及其他有关人员；参加组织对疫点、疫区及其周围地区群众的宣传工作。
发展改革部门要负责动物防疫、检疫、监督、监测体系基础设施建设。
财政部门要保证疫病防治所需的疫苗、消毒药品、防护用品、监测、疫情扑灭、扑杀补助等经费。加强防疫经费的管理和监督。
出入境检验检疫部门要加强进出境动物、动物产品和其他检疫物的检疫工作，防止疫情传入传出。
公安部门要作好疫区封锁和强制扑杀工作及协助疫源调查，依法查处阻碍动物防疫和防疫监督人员履行公务的行为，作好疫区安全保卫和社会治安管理。
工商部门负责关闭疫区内禽类及其产品市场，加强市场监督，加大对违法经营畜禽及其产品行为的打击力度；协调农牧部门作好畜禽及其产品交易市场的防疫监督工作。
交通、铁路等部门负责优先运送控制疫情人员、物资、药品和器械，配合动物防疫或动物防疫监督部门作好依法设立临时动物防疫监督检查站和对疫区的封锁工作。凭动物防疫部门出据的检疫合格证明承运动物及动物产品。
卫生部门负责监测禽流感在人群中发生情况，协助作好疫情处理工作。
科技部门要加强禽流感防治技术研究，作好高致病性禽流感防治知识的宣传。
商务部门要加强市场监测和储备畜禽产品的管理，适时组织市场调控，维护市场稳定，积极配合动物防疫部门作好屠宰场的防疫工作。
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