(四)自治区农牧厅根据最终确诊结果，确认高致病性禽流感疫情，并上报自治区人民政府和农业部。
三、疫情分级
自治区高致病性禽流感疫情分为三级：
(一)有下列情况之一的，为一级疫情：
1．在自治区相邻省份的相邻区域有5个以上县发生疫情。
2．在自治区有6个以上县发生或者3个以上县连片发生疫情。
3．特殊情况需要划为一级疫情的。
(二)有下列情况之一的，为二级疫情：
1．在自治区行政区域内有2个以上县发生疫情。
2．在自治区行政区域内有6个疫点或者2个以上县连片发生疫情。
3．在自治区相邻省份的相邻区域有5个以下县发生疫情。
4．特殊情况需要划为二级疫情的。
(三)在自治区行政区域内有1个疫点，为三级疫情。
四、应急指挥系统和部门分工
(一)应急指挥系统
自治区人民政府设立自治区防治高致病性禽流感指挥部(以下简称指挥部)，指挥部由一名指挥长、二名副指挥长，及相关部门的负责人组成。指挥长由自治区人民政府分管副主席担任，副指挥长由自治区人民政府副秘书长和自治区农牧厅厅长担任，指挥部成员由党委宣传部、农牧、财政、工商、公安、发展改革、卫生、科技、食品药品监管、交通、商务、检验检疫、海关、铁路、农垦、监察、监狱、武警、军队等相关部门组成。指挥部下设办公室(以下简称指挥部办公室)，办公地点设在自治区农牧厅，指挥部办公室主任由自治区农牧厅分管副厅长担任，副主任由自治区农牧厅兽医处处长和自治区动物防疫站站长、自治区动物防疫监督所所长担任。
指挥部负责领导全区高致病性禽流感预防、控制和扑灭工作；制定高致病性禽流感防治重大政策；组织拟定高致病性禽流感防治法规规章；组织协调和部署全区高致病性禽流感防治工作；指挥扑灭一级、二级疫情；监督管理全区高致病性禽流感防治工作。
指挥部办公室负责指挥部的日常工作。按照指挥部的决策，统一指挥紧急疫情的控制；收集疫情和分析预测发展态势；及时调配疫情处理和损失补助的资金和物资；组织、协调、监督各有关部门、地区落实自治区高致病性禽流感防治应急预案，提出禽流感防疫资金、物资计划安排意见；提出启动、停止(解除)二级疫情控制应急措施建议。
各市、县(区)也要成立指挥机构，指挥机构由本级人民政府主管领导任指挥长，成员由政府有关部门、军队、武警部队及有关单位负责同志组成，指挥机构办公室设在同级人民政府畜牧兽医行政主管部门。
(二)部门分工
