新型农村合作医疗试点县（市）按以下程序确定：由县（市）政府提出申请，报所在市州政府审核，由市州政府向省新型农村合作医疗管理办公室申报，由省卫生厅、财政厅组织完成有关试点承诺前期工作，报经省新型农村合作医疗协调领导小组批准，并上报卫生部、财政部确认。
三、坚持农民自愿原则，做好宣传动员工作
开展新型农村合作医疗试点，一定要坚持农民自愿参加的原则。要严禁硬性规定农民参加合作医疗指标、向乡村干部搞任务摊派、强迫乡（镇）卫生院和乡村医生代缴以及强迫农民缴费等错误做法。各地在试点工作中要将宣传动员工作贯穿始终，充分利用广播、电视、报纸、宣传单、受益农民典型宣传等多种形式，加大宣传力度。要将建立新型农村合作医疗意义、与传统合作医疗区别、参加办法、权利与义务以及报销和管理办法等宣传到千家万户，使广大农民了解掌握政策，树立互助共济意识和健康投资观念，自觉自愿地参加新型农村合作医疗。
四、加强试点工作的组织协调和管理
试点县（市）所在市州政府要成立由卫生、财政、农业、民政、发展改革、审计、食品药品监管、中医药、扶贫、人口计生等部门参加的新型农村合作医疗协调领导小组，负责研究制定相关政策，落实地方政府出资，对试点工作进行实地指导和督查。合作医疗协调领导小组在同级卫生行政部门设办公室，负责有关具体工作。
试点县（市）要成立县级新型农村合作医疗管理委员会，下设办公室，作为经办机构，负责新型农村合作医疗的日常业务管理。根据实际需要，可在乡（镇）设立派出机构或委托有关机构承担具体工作。县（市）新型农村合作医疗经办及派出机构要根据工作需要，合理配备专兼职人员，编制由县级政府从现有行政或事业编制中调剂解决，人员工资和工作经费列入同级财政年度预算，不得从新型农村合作医疗基金中提取。地方各级政府要为试点县（市）开展新型农村合作医疗工作适当提供启动经费，保证工作正常开展。
五、认真开展基线调查
省新型农村合作医疗管理办公室要组织有关专家，制定统一的基线调查方案。各试点县（市）要按照基线调查方案要求，针对当地经济发展水平、医疗卫生机构服务现状、农民疾病发生状况、就医用药及费用情况、农民对参加新型农村合作医疗的意愿等进行调查，并加强调查指导和质量控制，形成完整的调查报告，为制定试点具体实施方案提供依据。每批被确定试点县（市）的基线调查工作要在启动试点前3个月完成。
