根据水管单位承担的任务和收益状况，将现有水管单位分为三类：
第一类指承担防洪、挡潮、排涝、抗旱和农业灌溉等水利工程管理运行维护任务的水管单位，称为纯公益性水管单位，定性为事业单位。
第二类指既承担上述某项公益性任务，又兼有供水、发电等经营性功能的水利工程管理运行维护任务的水管单位，称为准公益性水管单位。准公益性水管单位依其经营收益情况确定性质，不具备自收自支条件的，定性为事业单位，具备自收自支条件的，定性为企业。目前已转制为企业的，维持企业性质不变。
第三类是指承担城市供水、水力发电等水利工程管理运行维护任务的水管单位，称为经营性水管单位，定性为企业。
水管单位的性质由机构编制部门会同同级财政和水行政主管部门负责确定。
（三）定编定岗，测算支出
事业性质的水管单位，其编制由机构编制部门核定。实行水利工程运行管理与维修养护分离（下称管养分离）后的维修养护人员、准公益性水管单位中从事经营性资产运营和其他经营活动的人员，不再核定编制。
确定为事业性质的水管单位要在批准的编制总额内，合理定岗。
事业性质的水管单位应进行收支测算。根据批准的编制测算基本支出；按照国务院有关部门制定的《水利工程维修养护定额标准》、《水利工程养护修理及运行费用预算编制规定》，测算维修养护费用；按
财政部《水利工程管理单位财务制度》的规定计算折旧。测算成果报水行政主管部门会同财政部门核准。
（四）规范财政支付，严格资金管理
1．确定财政支付的范围和方式。根据水管单位的类别和性质的不同，采取不同的财政支付政策。纯公益性和准公益性水管单位，其编制内承担公益性任务的在职人员经费、离退休人员经费、公用经费等基本支出由同级财政负担，公益性部分的工程日常维修养护经费在水利工程维修养护岁修资金中列支。工程更新改造费用除业主自筹外，省管项目由计划、财政、水利等部门给予适当补助，其他项目由同级政府统筹安排。
事业性质的准公益性水管单位，经营性部分的工程日常维修养护和更新改造经费由企业负担。经营性资产收益和其他投资收益要纳入单位的经费预算。各级水行政主管部门应及时向同级财政部门报告该类水管单位各种收益的变化情况，以便财政部门实行动态核算，并适时调整财政补贴额度。
