环境保护局、统计局、地方税务局、工商行政管理局（加挂物价局牌子）、质量技术监督局、旅游局、口岸办公室、台湾事务办公室（加挂市委对台工作领导小组办公室牌子）等市政府直属机构保留不变。
保税区管理局、高新技术园区领导小组办公室、大工业区管委会以及市政府驻北京、上海办事处等派出机构保留不变。撤销市政府驻新疆、哈尔滨、武汉、成都办事处。
体育局、机关事务管理局、接待办等市政府直属正局级行政事务机构保留不变。
气象局（气象台，市政府直属）、档案局（档案馆，由市政府办公厅管理）、公路局（由交通局管理）等副局级行政事务机构保留不变。
（四）政府机构主要负责人任免权限
政府组成部门主要负责人由市人大常委会任免；政府直属机构、直属特设机构主要负责人由市政府任免，并参照省的做法参加政府工作会议；政府派出机构以及副局级以上行政事务机构主要负责人由市政府任免。
二、建立健全相关行政机制
（一）建立健全民主、科学决策机制
按照市委总揽全局、协调各方的原则，规范市委与人大、政府三者之间的关系。坚持党在地区政治、经济、社会生活中的领导核心地位，把握正确方向，决策重大问题，负责全局工作，有效实施党在各个领域的政治、思想和组织领导。建立健全政府行政决策咨询机制，实行重大决策的咨询、论证和责任制，切实提高政府行政决策水平和能力。政府组成部门要根据工作需要组建由专家学者及企业界等各界人士组成的决策咨询机构；推进社会参与机制建设。
（二）完善政府部门间的联席会议制度
有关跨部门行政决策和执行工作，一般不再另设议事协调机构，市长可指定常务副市长或分管副市长牵头，由主办部门负责跨部门的决策研究和执行实施。主办部门具有协调权，同时承担相应行政决策与执行的责任。
（三）改进政府运作机制
推行目标管理责任制，建立健全政府绩效目标体系及绩效评估、测评、审计制度。探索部门预算与部门绩效考核、部门占有公共资产与部门绩效考核挂钩的新机制。推进电子政务建设，整合信息资源，实现互联互通、资源共享。合理划分市、区政府事权，充分发挥区政府积极性、主动性。
（四）强化对政府行政的监督制约机制
积极推进政务公开，发挥人大、政协、各民主党派、社会公众以及新闻媒体对政府部门的监督作用，探索建立社会性的监督委员会，拓宽社会对政府行为进行有效监督的渠道。在管理人、财、物的机构中，探索建立不同阶层人员组成的审议会或理事会，对相应重大问题进行集体审议，并对其行政行为进行监督。提高政府机构设置、行政权力行使与监督等工作的法治化、规范化、科学化水平；改革完善行政执法体制，规范执法行为，建立健全执法监督体制。真正做到有权必有责，有权受监督，侵权要赔偿。
三、认真做好“三定”工作
