(十二)科研机构主管部门要赋予科研机构充分的自主权，要转变对非营利性科研机构的管理方式，积极探索和试行非营利性科研机构理事会制度。
1、非营利性科研机构要结合自身实际，积极建立理事会决策、院所长负责、学术委员会咨询和职工代表大会监督制度。
2、理事会成员由主管部门代表、本单位代表、行业专家代表、有关出资方代表组成。理事会负责面向社会公开招选和推荐院所长，审定机构的发展规划、年度工作计划和财务收支计划，监督机构业务和管理活动。
3、院所长是机构的法定代表人，执行理事会决议，负责机构的科研业务和日常管理工作，对理事会负责。
4、学术委员会负责对机构发展的重大科学技术问题提出咨询意见。
(十三)非营利性科研机构实行全员聘用制。按照国家和省上有关规定，在内部实行聘用制后，面向社会公开招聘工作人员，自主决定内部岗位设置、招聘人员条件和聘用人员，通过签订聘用合同，确定单位和个人的人事关系，明确单位和个人的义务和权利。
1、聘用合同分为有固定期限合同和无固定期限合同，或以完成某项科研任务为期限的合同。
2、科技机构对被聘用人员实行岗位责任制管理，定期考评。对考评不合格人员、聘用合同到期后未续聘人员和被辞退人员，按国家和省上有关规定办理。
3、非营利性科研机构根据国家和省上关于事业单位工资政策，可实行工资总额包干，按岗、按任务、按业绩定酬，自主决定其工资构成及分配比例，具体分配办法暂按省人事厅、省财政厅联合下发的《甘肃省事业单位内部分配制度改革暂行办法》(甘人事〔2000〕102号)执行。
4、非营利性科研机构人员按照国家和省上有关规定参加养老、医疗保险。
(十四)非营利性科研机构执行科研
事业单位会计制度。其年度预、决算经省科技厅审核汇总后，报省财政厅核定。
(十五)非营利性科研机构为社会提供有偿服务，必须领取工商营业执照。其营利所得主要用于该机构的发展和建立补充养老保险、医疗保险等公共支出。
(十六)非营利性科研机构要接受政府相关部门及社会有关方面的监督。要于每年第一季度向主管部门和省科技厅报送上年度的工作报告，接受业绩考核。省科技厅会同有关部门制定非营利性科研机构的运行管理规范，定期评估、考核、奖惩其运行绩效。
(十七)非营利性科研机构可以接受政府、企业、事业单位、社会团体及个人的物品和资金资助。政府和其他社会力量对非营利性科研机构拨入和捐赠的资产不得变更约定或抽回。任何机构和个人不得以任何方式从非营利性科研机构获取投资回报。
