(一)家庭帐户基金。占总基金的25％。主要用于农牧民门诊医疗费用补偿。以家庭为单位使用，用完为止。结余基金可结转下年使用，也可继承，全家迁出县外时可以转移或领取，但不能抵交下一年度个人缴费。
(二)大病统筹基金。占总基金的65％。主要用于农牧民大额或住院医疗费用的补偿。
(三)医疗救助基金。占总基金的10％。主要用于封顶线以上大额费用的补助和大病统筹基金超支部分的弥补。
第十八条 省财政部门会同卫生部门制定新型合作医疗基金管理办法和财务制度。
省财政部门统一印制全省新型合作医疗专用收费票据。
县(市、区)乡(镇)合管办应建立健全新型合作医疗基金管理的各项制度。
第五章 医疗费用补偿
第十九条 新型合作医疗实行三线控制。起付线、报付线和封顶线由县(市、区)人民政府根据新型合作医疗资金的筹资数额和当地居民健康状况、医疗费用水平确定。
新型合作医疗住院费用起付线应当控制在200元左右，封顶线控制在15000元以内，报付线控制在60％以内。
第二十条 参加新型合作医疗农牧民在各级医疗机构就医后，按规定范围和比例报销医疗费用，给予医疗费用补偿。
医疗费用补偿可以实行分级按比例补偿，原则上在基层医疗机构就医的医疗费用补偿比例应高于在省、州(地、市)级医疗机构的医疗费用补偿比例。也可以按发生的实际医疗费用总额分段按比例补偿。
第二十一条 新型合作医疗的门诊医疗费用由乡(镇)合管办审核和报销支付。住院医疗费用由县(市、区)合管办审核和报销、支付，也可委托乡(镇)合管办办理。
第二十二条 县(市、区)、乡(镇)合管办要严格执行医疗费用补偿的规定，对各种单据和凭证严格审核把关，及时办理医疗费用报销事项，方便群众。杜绝人情报销和弄虚作假行为。
第二十三条 新型合作医疗实行持证就医、报销。县(市、区)合管办为参加新型合作医疗农牧民以家庭为单位颁发《新型合作医疗证》。
《新型合作医疗证》格式由省卫生行政部门统一制定。
