第八条 州(地、市)、县(市、区)卫生行政部门和乡(镇)人民政府分别设立合作医疗管理办公室(以下简称合管办)，负责具体业务工作。所需人员由同级政府在核定的编制内调剂解决，其人员经费和工作经费列入同级财政预算全额拨付，不得从新型合作医疗基金中提取。
第九条 州(地、市)合管办的主要职责是：
(一)协调有关部门筹集合作医疗基金，负责基金使用的监督；
(二)对本地区新型合作医疗进行指导、监督和检查；
(三)统计、分析新型合作医疗信息，总结、汇报合作医疗工作。
县(市、区)合管办的主要职责是：
(一)组织实施新型合作医疗实施方案、实施细则和各项规章制度；
(二)管理新型合作医疗基金，审核、报付参加合作医疗农牧民的医疗费用；
(三)负责日常宣传、教育工作；
(四)统计、分析新型合作医疗信息，总结、汇报工作；
(五)指导、检查、监督、评估乡作医疗工作。
乡(镇)合管办的主要职责是：
(一)宣传、动员农牧民参加新型合作医疗，负责注册登记及新型合作医疗证发放工作；
(二)负责农牧民个人缴费的归集并及时上交县(市、区)合管办；
(三)按照授权，负责参加合作医疗农牧民医药费用的审核、报付；
(四)收集、分析、整理和上报相关信息。
第十条 卫生部门负责新型合作医疗的组织、管理、协调和督导。财政部门负责将新型合作医疗补助资金和人员、工作经费纳入预算，及时足额拨付，并制定新型合作医疗基金财务管理制度，监督基金使用。民政部门负责特困农牧民医疗救助工作。审计部门负责合作医疗基金审计工作，定期审计监督。发展改革部门负责将农牧区卫生和新型合作医疗纳入国民经济和社会发展规划，支持发展。扶贫部门负责把贫困地区卫生基础设施建设列入扶贫规划统筹安排。农牧部门负责新型合作医疗政策宣传和对农牧民的宣传工作。药监部门负责农牧区药品市场监督、管理。宣传、教育、计生、人事等部门结合本部门工作，在政策宣传、健康教育、人才培养等方面积极支持配合新型合作医疗工作。
第三章 基金筹集
第十一条 新型合作医疗制度实行农牧民个人缴费、政府资助、集体扶持和社会多方筹资相结合的筹资机制。
