第十四条 农村合作医疗基金中农民个人缴费及乡村集体经济组织的扶持资金，按年度由农村合作医疗经办机构或委托有关部门一次性收缴，于每年8月底前存入农村合作医疗基金专用帐户。
市、县级财政根据参加新型农村合作医疗的实际人数，于9月底前将补助资金划拨到县级合作医疗基金专用帐户。
省级财政根据各地区参加新型农村合作医疗的实际人数和各级财政补助资金到位情况，将补助资金逐级划拨到县级合作医疗基金专用帐户，并向中央财政申报补助资金。各级财政要确保补助资金及时、全额拨付到农村合作医疗基金专用帐户，并通过新型合作医疗试点逐步完善补助资金的划拨办法，尽可能简化程序，易于操作。
第十五条 新型农村合作医疗基金以县为单位进行统筹。各县（市）要根据筹资总额，结合当地实际和基线调查情况，科学合理地确定农村合作医疗基金的支付范围、支付标准和额度，防止农村合作医疗基金超支或过多结余。新型农村合作医疗大额医疗费用补助的起付线一般以当地农民上年人均纯收入的10—20％为基准，补助的封顶线可按农民上年人均纯收入的4—6倍为界。起付线以上、封顶线以下的费用支付比例，一般控制在30—70％的范围内，可采取分段支付的办法，即费用越高，支付的比例越高。具体补助办法由各试点县（市）自行确定。
对参加新型农村合作医疗的农民，年内没有动用合作医疗基金的，在下年初要安排一次常规性体检，体检内容由试点县（市）合作医疗管理委员会确定。费用从合作医疗基金中支付。
第十六条 合作医疗基金主要用于补助参加新型农村合作医疗农民的大额医疗费用和住院医疗费用，兼顾小额费用和门诊医疗费用。各县（市）要结合当地社会经济发展水平、农民意愿和合作医疗筹资情况，设立大病统筹基金、风险基金、健康服务基金和家庭帐户。
农民个人缴纳的费用，主要划入家庭帐户，但不应超过80％，其余费用划入大病统筹帐户。
家庭帐户用于支付参保农民个人的小额医疗费用和门诊费用，家庭帐户结余的资金，可结转到下年使用。大病统筹基金应占合作医疗基金总额的60—65％，用于支付参加新型合作医疗农民的大额医疗费用和住院医疗费用；风险基金用于补偿额已经超过最高封顶线以上，但仍然会造成贫困的病例的救助以及合作医疗基金的财务透支和意外情况（如传染性疾病大流行）的应急；健康服务基金用于对年内没有使用合作医疗资金的农民进行一次常规性健康体检。风险基金和健康服务基金原则上应各不低于基金总额的5％。
