改革的指导思想是：以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，以服务“三农”为宗旨，按照“明晰产权关系、强化约束机制、增强服务功能、国家适当支持、地方政府负责”的要求，改革信用社管理体制和产权制度，把信用社办成由农民、农村工商户和各类经济组织入股，为“三农”服务的社区性地方金融机构，进一步发挥信用社农村金融主力军和联系农民的金融纽带作用，更好地为农村经济结构调整、农民增收和城乡经济社会协调发展服务。
改革的基本原则是：(1)立足农村，确立为“三农”服务的经营方向，改进服务方式，完善服务功能，提高服务水平；(2)按照市场经济规则，坚持继承和创新，通过明晰产权关系，完善法人治理结构，强化自我发展、自我约束的运行机制；(3)根据因地制宜、分类指导原则，区别农村信用社的不同条件和承受能力，探索和实施新的产权制度，建立与农村经济发展、信用社管理水平相适应的组织形式；(4)根据责权利相结合原则，调动和发挥各方面的积极性，理顺关系，明确责任，建立健全风险防范和处置机制。
改革的总体目标是：通过深化改革，理顺管理体制，建立起中央部门监管、省级政府管理、信用社自主经营的监督管理体制；明晰产权关系，落实出资人责任，完善信用社法人治理结构，建立健全信用社内控制度；建立有效防范和化解信用社风险的机制，切实防范金融风险。通过改革和发展，到2006年末，力争全省信用社存款达到4000亿元，贷款达到3000亿元，分别比2002年翻一番；农户贷款余额1000亿元，占全部贷款总额30%以上，比2002年增加10个百分点；不良贷款率控制在6%以内，比2002年下降50%左右；实现利润20亿元以上。
二、主要内容
(一)组织形式
信用社改革确定以下三种组织形式：
1．组建农村合作银行。在经济较发达、城乡一体化程度较高、信用社资产规模较大、经营管理水平较高、符合银监会《
农村合作银行管理暂行规定》条件的县(市、区)，组建农村合作银行。在同等条件下，优先支持对信用社扶持力度大的地区组建农村合作银行。
2．实行县级联社统一法人。在信用社经营状况较好、账面资能抵债、符合银监会《农村信用社以县(市)为单位统一法人工作指导意见》条件的县(市、区)，实行县级联社统一法人。
3．少数资不抵债、严重亏损的信用社，暂时保留现有联社和信用社两级法人的体制。改革的主要任务是进一步完善合作制，加强管理，转换内部经营机制，加大政策扶持，限期扭亏增盈。
在实行以上三种组织形式的同时，对部分以市辖区为单位设立、且规模较小的信用联社，在自愿的前提下，可以通过合并，以市本级为单位组建农村合作银行或联社统一法人。
