上述“收支两条线”资金必须严格按照规定上缴国库或财政专户，不得隐瞒、截留、挤占、坐支和挪用。各部门和单位要对本部门和单位应纳入“收支两条线”管理的各类资金进行全面自查清理，未编码的项目向市财政部门办理注册登记，严格按照规定上缴国库或财政专户。
二、全面委托银行代收，严格执行“票款分离、缴罚分离”的制度。
“收支两条线”资金必须委托银行代收，实行“单位开票，银行代收，财政统管”的征管制度，由执收执罚单位发出缴款通知书，缴款单位或个人直接将款项缴入指定的财政帐户，取消“收支两条线”资金收入过渡户。对零星收入或不具备委托银行代收条件的，执收执罚单位必须向财政部门提出申请，经财政部门批准后，由执收执罚单位设立一个“收支两条线”资金收入汇缴帐户，专门用于“收支两条线”资金收入收缴和上缴国库或财政专户，该帐户资金不得用于执收执罚单位的支出。按照有利征收、方便缴款的原则，对随税收征收的仍由税务部门代为征收。
三、理顺上下级或职能部门之间“收支两条线”资金分成缴拨关系。
凡是涉及上下级或职能部门之间分成的所有“收支两条线”资金，除有专门规定之外，资金的上缴下拨业务全部通过各级国库或财政专户运作。执收执罚单位征收的“收支两条线”资金，全额缴入同级国库或财政专户，应上解或下拨的，必须通过财政部门逐级拨付或结转。上下级或职能部门之间不得直接对收入进行集中、提取及分成。
四、积极推行部门综合预算改革，强化“收支两条线”资金支出管理。
按照建立社会主义市场经济条件下公共财政基本框架的要求，全面推行部门综合预算，将“收支两条线”资金统一纳入部门综合预算范围，根据各单位履行职能的需要，合理核定预算支出，统筹安排财政性资金：
（一）“收支两条线”资金按规定缴入国库或财政专户，其经费由财政部门按部门综合预算核定的定额标准拨付，实行预算内外资金统筹安排，并经过预决算程序监管开支，从实施财政支出改革上堵塞漏洞；
（二）具有专项用途的专项收费和政府性基金（附加、资金）等，实行预算编制与统筹调剂相结合办法，资金结余结转下年度使用；
（三）政府公共资源有偿使用招标、拍卖等所取得的收入，除安排相应的手续费（佣金）和补偿执收成本、管理费支出外，其余由财政统筹安排；
（四）执收执罚单位应编制年度收支计划，报财政部门核定后，由财政部门按年度收支计划以及用款单位的实际上缴情况和用款进度，核拨经费。
