检验检疫部门负责出入境的禽类及其产品和其他检疫物的检疫工作。
农垦部门按照动物防疫工作属地管理的原则，积极配合地方政府部门负责本系统的高致病性禽流感防治工作。
铁路部门负责优先运送防疫人员、防疫物资、药品和器械。
海关负责疫区禽类及其产品运输工具、货物的监管查验工作，严厉打击活禽及其产品非法进出口。
军队、武警部队负责所属部队的高致病性禽流感防治工作，支持配合驻地搞好高致病性禽流感防治工作。
二、疫情报告
任何单位和个人发现禽类发病急、传播迅速、死亡率高等异常情况，应在2小时内向县级动物防疫机构报告。县级动物防疫机构在接到报告后，应立即派员到现场调查核实并进行流行病学调查，初步怀疑为高致病性禽流感疫情的，应在2小时内将情况逐级报到省农牧厅，经省动物防疫部门诊断为高致病性禽流感疑似病例的，应立即将疫情上报省指挥部，经指挥部研究确定后报农业部。
三、疫情确认
高致病性禽流感疫情按以下程序认定：
(一)市县农牧部门经实地调查，初步怀疑为高致病性禽流感疫情的，应立即向省农牧厅报告。省农牧厅接到疫情报告后，应立即派出2名以上省级畜牧兽医主管部门认定的专家赴现场进行临床诊断，提出初步诊断意见。
(二)对怀疑为高致病性禽流感疫情的，应及时采集病料，送省动物防疫总站实验室，按《
高致病性禽流感疫情处置技术规范(试行)》(农政发〔2004〕1号)要求进行血清学检测，诊断结果为阳性的，应由化验检测人员签字确认为高致病性禽流感疑似病例，将报告单报省指挥部。
(三)省指挥部及时召开指挥部会议，根据化验检测报告对确认为疑似病例的，由省动物防疫总站派专人将病料送国家禽流感参考实验室或国务院畜牧兽医行政管理部门指定的区域性专业实验室，进一步做病毒分离与鉴定，进行最终确诊。
(四)疫情由农业部最终确认并予以公布。
(五)人感染高致病性禽流感时，按上述程序，由省卫生行政主管部门按照国务院卫生行政管理部门颁布的《人的高致病性禽流感诊断标准》进行确认并上报卫生部。
四、疫情分级
高致病性禽流感疫情分为以下三个等级：
