(二)以收定支，保障适度。各地在制定新型农村合作医疗制度实施方案时，要坚持以收定支、收支平衡，与当地经济社会发展水平、农民经济承受能力和医疗费用需要相适应的原则，科学合理地确定起付标准、支付比例和最高支付限额，既要保证合作医疗制度持续有效运行，又使农民能够享有最基本的医疗服务。
(三)先行试点，逐步推广。各地在建立新型农村合作医疗制度过程中，要坚持从实际出发，通过试点总结经验，不断完善，稳步发展。要确定实施新型农村合作医疗制度总体目标和阶段性目标，并随着农村社会经济的发展和农民收入的增加，逐步提高农民参与新型农村合作医疗制度的程度和抵御重大疾病风险的能力。
二、管理方式
新型农村合作医疗制度以县为单位组织实施，由省政府逐年确定开展新型农村合作医疗工作县。各市(州、地)政府要按照精简高效的原则，成立由卫生、财政、农牧、民政、审计、扶贫等部门组成的合作医疗领导小组，负责本行政区域内农村新型合作医疗制度的建立和推广工作。
县级人民政府要成立由政府和有关部门主要领导、农民代表参加的新型农村合作医疗管理委员会，负责有关组织、协调、管理和指导工作。办公室设在县级卫生行政部门，人员可从卫生、财政、民政、农牧等部门抽调，负责制定新型农村合作医疗实施方案、督促检查工作落实情况等具体工作，经费列入县级财政预算，严禁从合作医疗基金中提取。根据需要在乡(镇)可设立委托机构，协助县合作医疗办公室进行管理。县、乡经办机构的设立要坚持精简、高效的原则，人员编制要结合乡镇机构改革，在现有行政事业编制中调剂解决，不再新增。
三、筹资标准
新型农村合作医疗制度实行个人缴费和政府资助相结合的筹资原则。同时，允许向社会团体和个人募捐，接受慈善机构捐助资金。
农民以家庭为单位自愿参加合作医疗，履行缴费义务，到乡(镇)委托机构存储个人参加合作医疗费用，乡(镇)委托机构统一登记，并以户为单位到乡镇信用社办理合作医疗储蓄证，储蓄证交农民个人持有。农民个人筹资标准和是否允许乡(镇)企业职工参加新型农村合作医疗等具体问题，由县级人民政府根据当地实际情况确定，但最低筹资标准每人每年不得少于10元。省、市(州、地)、县三级财政对参加新型农村合作医疗的农民给予资助，并列入财政预算。省财政按每人每年5元给予补助；市(州、地)、县两级财政按每人每年5元给予补助，具体补助标准由市(州、地)、县两级政府协商确定；中央财政通过专项转移支付对除市(区)以外参加新型农村合作医疗的农民每人每年按10元给予补助。
