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(一)对纳入会计集中核算的单位取消会计岗位，设立财务管理员。财务管理员主要负责本单位有关的资产管理、部门预算编制、资金使用计划的编制及资金划拨、票据的集中收取和初审以及与会计核算中心的联系事宜。
会计核算中心实行单位财务管理员报账办法。各集中核算单位要指定专人到中心报账。中心根据业务需要和具体情况核定集中核算单位“定额备用金”，由单位财务管理员负责按规定管理使用。
集中核算单位的财务管理员将单位负责人签章后的原始凭证经过整理、归类、粘贴，然后到中心办理报账手续。
财务管理员在报账时须按照已整理的原始凭证，认真填写中心统一格式的报账单。报账单应载明所附原始凭证的张数、用途、大小写金额、报账支付方式、经办、审批、报账人签名等内容。对于复杂经济业务可由单位财务管理员携业务经办人共同办理报账手续。
会计核算中心要按规定权限进行审批，业务部主管会计根据核定的报销金额登记单位“资金核算手册”，记账会计填写支票，并输入计算机作记账凭证；审核会计对已输入计算机的凭证进行复核。审核会计在核对集中核算单位预留印鉴准确无误后，由主管会计在报账支票申领单盖业务部预留资金部的“核算专用章”，单位财务管理员持报账支票申领单(资金部联)和填好的支票到中心资金部办理结算。
对集中核算单位的收入，财务管理员直接将现金或支票(需先到资金部背书)送存核算中心开户行，将银行进账单交资金部审核会计，由资金部审核会计出具内部进账单，内部进账单一式三联，第一联交单位财务管理员，第二联交业务部记账，并登记单位“资金核算手册”，第三联资金部记账。
对会计核算中心收到的拨款，由资金会计按拨款明细分别填写内部进账单，由业务部记账并登记单位“资金核算手册”。
(二)凡纳入会计集中核算的单位，取消在银行开设的各类账户，由会计核算中心统一在银行开户，单位的各类资金核算均通过该账户办理。设有二级以下单位的主管部门，在主管部门纳入会计集中核算后，其下属单位的经费也由会计核算中心负责转拨。
(三)试行国库集中支付的单位，会计核算中心负责办理国库集中支付的有关手续。
(四)会计核算中心原则上采取大厅式办公、柜组式作业方式，对外敞开办公，利用计算机网络进行账务处理，编制会计报表，为纳入单位提供查账、咨询等服务。
柜组分若干核算部、一个结算部、银行出纳部。每个核算部设审核、主管会计、记账会计三个岗位，结算部设资金审核、资金记账两个岗位。银行出纳部的岗位设置由开户银行确定。
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