第二十一条 农村合作医疗基金由区县农村合作医疗管理委员会及其经办机构进行管理。经办机构应在管理委员会认定的国有商业银行设立新型农村合作医疗基金专用账户，确保基金的安全和完整，并建立健全农村合作医疗基金管理的规章制度，按照规定合理筹集、及时审核支付农村合作医疗基金。
第二十二条 新型农村合作医疗基金中农民个人缴费及乡镇、村扶持资金，按年由乡镇新型农村合作医疗管理委员会收缴，存入区县新型农村合作医疗基金专用账户；区县财政和市财政也将补助资金划拨到区县新型农村合作医疗基金专用账户；其他社会团体和个人捐助农村合作医疗的款项，先在区县新型农村合作医疗管理委员会备案后，再存入合作医疗专用基金账户。市、区县、乡镇财政要确保补助资金及时、全额拨付到区县新型农村合作医疗基金专用账户，并通过新型合作医疗试点逐步完善补助资金的划拨办法，尽可能简化程序，易于操作。
第二十三条 新型农村合作医疗基金主要补助参加新型农村合作医疗农民的大额医疗费用或住院医疗费用。有条件的地方，在保证收支平衡的原则下，可定项补助小额医疗费用或设立个人支配账户，兼顾农民受益面，增加合作医疗的吸引力。对参加新型农村合作医疗且年内没有动用农村合作医疗基金的农民，也可采取常规性体检等服务内容和措施，调动农民参加新型合作医疗的积极性。有农业的区和各县要根据筹资总额，结合本地实际，科学合理地确定新型农村合作医疗基金的支付范围、支付标准，确定常规性体检的具体检查项目和方式，逐步扩大服务项目和内容，防止农村合作医疗基金超支或过多结余。
第二十四条 区县新型农村合作医疗管理委员会每年应从基金中提取适当比例作为风险基金。在出现基金超支的情况下，经合作医疗管理委员会批准，可以动用风险基金充抵合作医疗基金的亏损。
第二十五条 加强对农村合作医疗基金的监管。各级合作医疗管理委员会的经办机构，要定期向合作医疗管理委员会汇报合作医疗基金的收支、使用情况；要采取张榜公布等形式，每季度向社会公布新型农村合作医疗基金的收支、使用情况，保证参加合作医疗农民的参与、知情和监督的权利。有农业的区和各县政府可根据本地实际，成立由审计等相关政府部门和参加合作医疗的农民代表共同组成的农村合作医疗监督委员会，定期检查、监督、审计农村合作医疗基金使用和管理情况。各级合作医疗管理委员会要定期向监督委员会报告情况，主动接受监督。
