(二)清理整顿的重点。一是违规设立及擅自扩大开发区规模的；二是违法圈占土地造成闲置荒芜的；三是违法用地或非法转让土地的；四是土地利用浪费、效益低下的。
二、准确把握清理整顿的政策界限
(一)符合两级审批规定的各类开发区。
经国务院和省政府审批的各类开发区，未突破原审批规模，或虽扩大规模但履行了法定审批手续的，可继续保留。未经依法报批手续擅自扩大规模的，原规划面积已充分利用，扩建部分投入高、规模大、效益好，要充分说明理由，按规定程序履行报批手续；报批未获批准和不符合有关法律法规及三个规划而擅自扩大用地规模的，要予以核减并依法收回所圈占闲置的土地。
对虽经省政府审批的开发区，但土地使用浪费严重、布局不合理、投入产出效益低下的，要认真进行整改。对长期圈占土地闲置不用的，要依法收回，并核减开发区用地规模。
对国务院和省政府所属部门批准设立并经国务院和省政府同意的各类开发区，可予以保留；未经国务院和省政府同意的，予以摘牌并按省级以下开发区的整改要求进行整改。
(二)应予撤销的开发区。
对设区市政府和省直有关部门批准设立的各类开发区，凡不符合土地管理法律法规，不符合三个规划的，以及布局不合理、开发程度低、投入产出效益低下、项目资金不落实的，要予以撤销并依法收回所圈占闲置的土地。
对县级及以下政府和所属部门批准设立的各类开发区，一律予以撤销。
对以开发区名义征地后擅自非法转让土地、改作其他用途的，清理整顿工作中瞒报漏报、突击审批和设立的各类开发区，一律予以撤销。
凡撤销的开发区，都要按《通知》要求取消名称、撤销管理机构、收回管理权限。对依法收回的土地，能够复垦和恢复农业用途的，当地政府要组织好复垦和恢复，并无偿交还给农民耕种。
(三)应予整合的开发区。
对于符合整合条件的设区市政府和省直有关部门审批的开发区，要按国家要求进行整合。确需保留的，要充分说明理由，提出整合建议，按规定程序报批。
对未按规定设立但区位条件好、投入产出效益高、规模大、土地利用合理、区域带动能力较强的开发区，原则上应按地理位置相近、开发内容相似、功能联系密切的要求，纳入国家和省级开发区扩建规划进行整合，或作为城市功能区纳入城镇建设规划。通过整合难以纳入国家和省级开发区规划的，如符合规定条件，可提出建议，按规定程序申报省级开发区。
对于未改变农用地性质、没有非农建设项目、未经批准设立的农业高新技术开发区，可按规定程序报批国家和省两级开发区。
