贯彻执行全国防治高致病性禽流感总指挥部作出的各项规定；制定自治区防治高致病性禽流感重大政策；组织拟定自治区防治高致病性禽流感法规规章；组织协调、部署和监督管理全区防治高致病性禽流感工作。
办公室职责：
收集、报告疫情信息和分析预测发展态势；建立紧急防疫物资储备库，及时协调解决疫情处理所需资金、物资，协调解决损失补助资金；组织、联络、协调、监督有关部门、盟市落实本预案；及时提出启动、停止(解除)二、三级疫情控制应急措施建议。
有关部门职责：
公安部门要协助做好疫区(点)的封锁、禽类的扑杀工作，加强疫区(点)及周围地区的治安保卫；财政部门要及时拨付紧急防疫物资购置、疫情处理和扑杀禽类补偿资金，并及时拨付疫情直接处理人员健康保健资金；工商行政管理部门要根据对疫区(点)封锁情况，关闭疫区内有关动物及其产品交易市场；交通和铁路部门协助临时动物防疫监督检查站和铁路动物防疫监督检验站做好检疫消毒工作；卫生部门要做好疫区(点)内人畜共患病防治工作；商务部门要采取措施，保障市场供应；宣传部门要做好正面宣传报道工作；民政部门要做好群众安抚工作。其他部门按照各自职能配合有关部门共同做好工作。
(二)旗县级以上地方人民政府设立“防治高致病性禽流感指挥部”，负责指挥和实施本行政区域内防治高致病性禽流感工作。指挥部办公室设在畜牧兽医行政管理部门。
二、疫情报告
任何单位和个人发现禽类发病急、传播迅速、死亡率高等异常情况，应及时向当地动物防疫机构报告。动物防疫机构在接到报告或了解上述情况后，经调查核实，怀疑是高致病性禽流感的，应在2小时内将情况逐级报告到自治区防治高致病性禽流感指挥部办公室。
动物防疫机构疫情报告内容应包括：疫情发生的时间、地点，发病禽的种类和品种、日龄、死亡数量、临床病变，养禽户的生产和免疫接种情况；已采取的控制措施；疫情报告的单位和个人及联系方式。
疫情经初步确认后，自治区防治高致病性禽流感指挥部办公室应立即上报自治区人民政府和国务院畜牧兽医行政管理部门。
三、疫情的确认和分级
(一)疫情的确认
高致病性禽流感疫情按下列程序确认：
1．动物防疫机构接到疫情报告后，立即派出2名以上具备相关资格的防疫人员到现场进行临床诊断，提出初步诊断意见。
2．对怀疑为高致病性禽流感疫情的，及时采集病料送自治区兽医工作站化验室进行血清学检测(水禽不能采用琼脂扩散试验)，诊断结果为阳性的，可确定为高致病性禽流感疑似病例。
