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（一）整合项目，调整资金投向。将现有各类农业综合开发项目整合为土地治理项目和农业产业化经营项目两大类。适应优势农产品生产的要求，以土地治理项目（包括中低产田改造、生态综合治理、中型灌区节水配套改造）为重点，根据“统筹规划、集中投入、连片开发”的原则，按照灌区、流域或相对完整连片的耕地进行全面规划，整体建设任务可分年度连续实施。每个项目县原则上每年安排1—2个项目。农业产业化经营项目扶持的重点是国家级、省级农业产业化龙头企业和农民专业合作经济组织，包括农产品加工、产地批发市场及储藏保鲜项目等。适当支持经济林及设施农业种植基地、畜牧水产养殖基地项目。加大对农业主产区特别是粮食主产区的投入力度，从2004年起，原则上每年新增的农业综合开发资金，主要集中用于农业主产区特别是粮食主产区，并向重点开发市、县倾斜。调整项目财政资金投入比例，土地治理项目全部实行无偿投入，农业产业化经营项目，根据不同类型，分类确定财政资金投入比例。适当降低种养业项目的财政有偿资金比例。逐步化解财政有偿资金债务风险，完善财政有偿资金呆坏帐核销机制，切实减轻项目区农民的债务负担。完善财政贴息政策，对农业产业化龙头企业利用银行贷款，给予贴息支持。实行项目和资金管理有机结合，以资金投入确定项目规模，按项目管理资金。根据不同地区、不同产业发展需要，逐步提高项目建设单位面积投资标准。
（二）改革项目管理体制，实行项目县轮换制。根据省直管县财政管理体制的规定，省对农业综合开发重点县，实行投资规模确定到县、项目评估到县、项目计划管理到县、资金拨付到县、债权债务落实到县、管理责任到县。同时，在保持各市开发投资总规模不减的情况下，由市每年根据农业综合开发验收、项目资金审计检查以及对开发工作重视程度等情况，提出对所属县的轮换意见，报省农业综合开发局批准后实施。全省每年轮换面原则上控制在三分之一左右。
（三）推行公开竞争选项和专家评审制。按照公开、公平、公正原则，由市组织预评估，由省组织评估，实行竞争选项。对重点项目，省市组织专家进行实地评估，坚决杜绝项目评估评审流于形式，确保项目规划高起点、建设高标准、取得高效益。
（四）推进工程建设招投标制及工程建设监理制。农业综合开发的所有工程建设项目都要通过公开招标进行建设，货物实行政府集中采购，严禁私自发包和转包工程。对重点工程，由县农业综合开发机构委托具有资质的专业监理单位或专业人员进行监理，确保工程建设质量达到建设标准。
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