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1．卫生部门 负责制定预防和控制传染性非典型肺炎的各项技术方案；负责确定监测点及监测网络，及时掌握疫情动态，负责组建由卫生管理、流行病学、临床医学、中医药学、检验检测等专业的专家组成的专家咨询组；组建、培训由流行病学、临床医学、中医药学、实验室检验、卫生监督、环境消毒等专业技术人员组成的应急处置队伍和医疗急救队伍，落实病人的隔离救治措施，做好病人的流行病学调查、密切接触者的隔离医学观察及实验室检测工作；对疫情现场进行卫生处置，提出疫情控制措施以及监督措施的落实；开展健康教育，保护易感人群，防止疫情扩散；在自治区政府的统一指挥下，与自治区政府各相关部门、各市县(区)政府密切配合，协同开展应急处置，确保卫生防病和医学救护工作高效、有序进行。
2．财政部门 做好传染性非典型肺炎疫情应急资金的划拨，给予各项防治工作充足的资金保证，落实各项应急物资准备和一线工作人员的补助费用，做好应急医疗设备的采购工作；根据国家和自治区的有关规定落实病人隔离治疗、密切接触者隔离医学观察期间的诊疗费用。
3．教育部门 在学生中开展防病知识宣传教育，特别是有关传染性非典型肺炎的知识宣传，并通过学生向社会传播相关知识，协助卫生部门指导和督促学校做好学校内的各项预防控制措施；按疫情分级控制措施的要求，落实学校停课、停学等措施。
4．宣传部门 在自治区和各市、县(区)党委的统一领导下，发挥舆论导向作用，准确、及时发布疫情信息，与卫生部门密切合作，积极宣传防病知识，提高人们的自我防护意识，做好传染性非典型肺炎疫情处理的宣传报道。
5．公安部门 发生传染性非典型肺炎疫情后，协助卫生部门及有关部门及时封锁可疑区域，做好疫点、疫区现场封锁的治安管理工作，搞好交通疏导，保障疫情处理车辆、人员迅速抵达疫区，对病人隔离治疗、密切接触者隔离医学观察不予配合的，依法协助采取强制隔离措施。
6．经贸部门 及时提供救援防护设施和用品，做好应急药物器械的供应和储备，根据需要及时调拨药品。协助搞好相关商品物资的供应。
7．药监部门 负责对防治传染性非典型肺炎药品、医疗器械的质量监督，及时提供国内外防治传染性非典型肺炎新药、医疗器械的信息。
8．交通运输部门 交通、铁路、民航等部门在职责范围内做好交通卫生检疫工作，发现可疑病例采取“留验”措施，对其接触者进行登记并及时报告当地疾病预防控制机构，对可疑病人的污染物及其污染区域立即进行严格彻底的消毒处理。必要时协助疏散人员、运送救援物资。
9．农牧和林业部门 负责做好疫区家畜家禽、野生动物等的监督监测工作，及时发现疫情并采取措施控制畜禽、野生动物疫情的蔓延，向卫生行政部门通报有关疫情情况。
10．物价和工商行政管理部门 负责对集贸市场经商人员进行登记、报告和管理，加强医药用品市场的监管和市场价格监测，打击哄抬物价、出售假冒伪劣商品等扰乱市场经济秩序的行为。
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