合作项目的国内配套投入是项目顺利实施的保证。中方对项目的配套除了以人员、设施和固定资产的形式投入外，同时也应根据项目的要求，确保相应的资金投入。项目受援单位必须在项目启动前制定详细的季度和年度安排计划，并将配套资金等落实情况报省外经贸厅。对于配套投入不到位，影响项目执行的，省外经贸厅将视情况报商务部做出调整、暂停或终止项目实施。
中方项目执行单位，应将项目规划和实施过程中产生的管理经费，作为项目配套投入的组成部分给予落实。项目执行单位在项目配套资金计划中应安排一定比例的配套资金作为项目管理费，以便用于项目规划和执行期间的日常管理开支，其中包括中外双方立项、调查、考察、评估团组的接待费用等。
四、项目执行过程的协调和监督
省外经贸厅作为地方政府接受国际多双边援助项目的归口协调和管理部门，代表国家商务部行使有关职能，对项目进行具体的监督、指导和管理，定期将项目执行情况向商务部和援助方报告。根据项目需要，省外经贸厅对项目执行情况进行检查和评审，凡涉及更改项目协议条款、调整项目内容、资金使用方向和执行期限等重要事宜，中方项目执行单位均须报省外经贸厅备案，由省外经贸厅向商务部提出申请，经审核同意并征得援助方批准后方可生效；凡涉及项目执行单位内部和项目执行单位与监督管理部门之间的矛盾和问题，各当事方应严格遵守外事纪律，先报省外经贸厅协调解决，省外经贸厅无法解决的，由省外经贸厅报请全省争取接受国际多双边援助项目工作协调小组协调解决；需报商务部或援助方解决的问题，统一由省外经贸厅对外提出，中方项目执行单位不得擅自向外方提出。
省外经贸厅定期会同有关部门对项目实施和管理情况进行考核，及时总结项目执行中的经验，以书面形式向国家商务部和有关部门通报。对实施和管理好的项目予以表扬。对在项目实施管理中违反项目协议，出现重大失误以及严重违反外事纪律的项目执行单位，将视情节轻重予以通报批评，或建议对其负责人给予党纪、政纪处分。对在工作中严重违反国家法律规定并触犯刑律的项目执行人员，移交司法机关依法处理。
五、项目的财务管理和审计
项目执行单位的项目管理办公室应按项目文本及有关规定建立完善的财务管理制度，并设立项目专用帐号。由项目主管单位授权该帐号项下提款人(一般中外双方各一人)。项目须建立年度审计制度，由项目执行单位每年向省外经贸厅和商务部及援助方提供项目审计报告。审计单位必须是具有资质的审计或会计师事务所，审计费用一般由项目执行单位负担。
