供销合作社联合社的机构设置，按照《
国务院关于解决当前供销合作社几个突出问题的通知》(国发 [1999]5号)规定，设省、地市、县供销合作社联合社。联合社对成员社负有指导、协调、监督、服务和教育培训的责任。
各级联合社要实行开放办社，积极参与发展农村合作经济组织和农民经纪人队伍的组织、指导工作，广泛吸纳农村其它合作经济组织和企业加入联合社。充分发挥供销合作社广泛、密切联系农民的优势，组建农村合作经济组织协会。同时，根据自愿的原则，组织农民成立各种类型的专业合作社和专业协会，发展农民经纪人队伍，带领农民有组织地进入市场。
按照社企分开的原则，理顺各级供销合作社与供销合作社所属企业(以下简称社属企业)的关系。各级供销合作社理事会是本级社有财产(包括所属企事业单位财产)的所有权代表和管理者，对本级社有资产行使出资人职能。依照《
中华人民共和国公司法》规定，各级联合社可以成立资产经营机构，由联合社授权其管理经营社有资产，确保社有资产保值增值。经当地政府授权部门审批后，到当地工商行政管理部门申请注册登记，注册资本可以根据当地社属企业资产实际状况确定。
各级联合社要切实发挥农资供应、农副产品流通、农村生活资料供应、农业信息服务及其它综合服务等作用，切实维护广大农民利益。积极参与当地的农业产业结构调整，承担本级政府委托的各项经济社会任务。按新的职能要求，各级联合社机关经费应列入同级财政预算。条件暂不具备一时难以列入同级财政预算的，要给予适当补贴，并积极创造条件，争取3年内列入财政预算。
三、坚持以产权多元化改造社属企业，创新企业的体制和机制
按照现代企业制度的要求和农业产业结构调整及发展农村经济的需要，加快社属企业改革、改组、改制步伐，尽快把社属企业改制成有限责任公司或股份有限公司，建立规范的法人治理结构。做大做强优势企业，整合重组优良资产、优势业务、优秀人才，创办农业产业化龙头企业，实现规模化、集团化经营。同时，也可以根据社属企业实际，实行股份合作制改革。对难以生存的企业可以整体改制，也可以分块改制，允许社有资产退出，实行社有民营、民有民营改造，使社属企业真正成为参与市场竞争的主体。
