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民政部门：做好突发公共卫生事件过程中出现的甲类和传染性非典型肺炎患者遗体处理和相关人员、场所、运送工具的消毒防护工作；做好疫区困难群众的生活救助工作；管理捐赠资金和物资。
教育部门：制定并落实教育系统突发公共卫生事件应急预案和措施；负责在发生突发公共卫生事件区域内对各类大中专院校、学校、幼托机构的健康教育工作。
药品监督部门：负责督促药品、试剂贮备和调拨。负责药品市场的监督，杜绝在处置突发公共卫生事件工作期间，假药、劣药流入市场。加大各类药械的监管力度，严厉查处损害消费者利益的违法行为。工商行政管理部门：做好市场监管工作，查处垄断和不正当竞争案件，依法打击商品、药品流通领域的违法违章行为和虚假广告行为，努力防止发生借突发公共卫生事件的名义进行违法违章活动的现象。组织查处侵犯消费者权益案件，保护消费者合法权益。
宣传部门：坚持正确舆论导向，加强舆论监督，正面报道突发公共卫生事件；协助做好发生突发公共卫生事件区域内大众卫生健康知识的宣传。
农业部门：在发生突发公共卫生事件范围内的农村、牧区，协助开展农牧民健康教育，动员广大农牧民参与农村、牧区爱国卫生运动，并及时了解农村、牧区应对突发公共卫生事件的有关情况，提出工作建议和意见。
劳动与社会保障部门：按规定及时支付参加医保人员所发生的医疗费用；对确属医疗救助和疾病预防工作需要的药品和诊疗项目简化审核程序；积极解决基本医疗保险支付范围医疗救助费用。
经贸部门：负责协调原材料供需矛盾，组织生产、流通企业确保应急物资的生产、供应。负责统一储备各类应急物资，及时向发生突发公共卫生事件的地区提供治疗、预防、控制所需药械及调运生活必需物资。协调铁路、交通、民航等部门保证及时优先运送应急物资和人员；会同和协调有关部门整顿和规范与处置突发公共卫生事件有关的药械和防护、消毒、生活等用品的市场秩序。
台港澳及侨务外事部门：积极协调有关部门了解和掌握出入自治区的外籍人士、台港澳同胞和侨胞的情况；做好对外应对突发性公共卫生事件的技术合作、情报信息交流。从严审批境外记者来访；加强与发生突发公共卫生事件范围内外资企业联系，敦促其配合当地落实应对突发公共卫生事件的各项应急措施。
民族宗教事务管理部门：负责民族宗教人士应对突发性公共卫生事件的思想教育和宣传，协助当地落实处置突发性公共卫生事件各项措施、方案、民族语言文字材料的制定和管理工作。负责做好在突发性公共卫生事件发生期间，因烈性传染病死亡的少数民族患者遗体处理和其它善后工作。
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