采矿权人有下列情形之一，致使矿产资源补偿费征收管理部门无法按照实际销售收入确定其应缴费额的，征收管理部门有权核定其应缴费额：
1、按照法律、行政法规的规定应当设置但未设置账簿的；
2、擅自销毁账簿的或者拒不提供核查所需资料的；
3、虽设置账簿，但账目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以查账的。
矿产资源补偿费征收管理部门应按下列方法之一核定应缴费额：
1、按照其消耗的储量核定；
2、按照耗用的原材料、燃料、动力和火工用品等测算核定；
3、按照当地同类行业或者类似行业中经营规模和收入水平相近的采矿权人的销售收入核定；
4、按照成本＋合理费用＋利润的办法核定；
5、按前款规定仍无法核定的，按照其开采规模和设计生产能力等其他合理方法核定。
地热水、矿泉水开发利用单位必须由征收管理部门会同质量技术监督部门监督安装符合国家标准的水表、电机计时表，用作矿产资源补偿费征收的计征依据，接受征收管理部门和质量技术监督部门的监督检查。对破坏计量器具准确度的行为和使用未按规定检定、超过检定周期或经检定不合格的计量器具，由质量技术监督部门依法查处。对水表记数不准确或水表损坏后不及时更换，而造成不能正确计征补偿费的，其资源补偿费应缴费额，则由征收管理部门按上述规定办法核定。
四、矿产资源补偿费征收管理部门及管辖范围
矿产资源补偿费由市国土资源管理部门会同财政部门负责征收管理。具体征收工作由市矿产资源补偿费征收管理机构和县国土资源主管部门负责，并接受同级财政部门和上级国土资源主管部门的检查监督。
市矿产资源补偿费征收管理机构负责全市各区及跨县行政区域范围内矿产资源补偿费的征收，并接受上级主管部门委托的跨市矿山企业矿产资源补偿费的征收。
各县、区行政区域内的矿产资源补偿费的征收，按国家和省有关规定执行。
各级工商行政管理、质量技术监督、税务、公安、电力、银行等有关部门和单位要积极配合，大力支持国土资源、财政等征收管理部门依法做好矿产资源补偿费的征收管理工作。
五、缴费期限和时间
采矿权人须在每月10日前申报缴清上个月的矿产资源补偿费。每年12月份的矿产资源补偿费应在当年12月10日前按上月实际缴费额预缴，次年1月底结算。
