财政部门凭国库出具的拨款单记帐，同时，财政部门要出具财政社保专户缴拨凭证，并附加盖专用印章的原始凭证复印件，交经办机构记帐和备查。
第七章 资产与负债
第三十条 资产包括基金运行过程中形成的现金、银行存款(含收入户存款、支出户存款、财政专户存款)、债券投资、暂付款项等。
经办机构和乡(镇)财政所应认真做好现金的保管、押送、管理工作，建立健全现金的内部控制制度。现金的收付和管理，要严格遵守国务院发布的《
现金管理暂行条例》。
经办机构应及时办理基金存取手续，按月与开户银行对帐。同时，要做到经办机构、财政部门定期相互对帐，保证帐帐、帐款相符。
用基金购买的国家债券应视同货币资金，由财政部门委托开户银行代为妥善保管，确保帐实相符。
暂付款项应定期清理，及时收回。
第三十一条 负债是指基金运行过程中形成的各种垫支款项和暂收款项等。垫支款项和暂收款项应定期清理，及时偿付。因债权人等特殊原因确实无法偿付的，经财政部门批准后并入基金的其他收入。
第八章 基金决算
第三十二条 年度终了后，经办机构应根据财政部门规定的表式、时间和要求编制年度基金财务报告。财务报告包括资产负债表、收支表、有关附表以及财务情况说明书。
财务情况说明书主要说明和分析当年基金的财务收支及管理情况，对本期或下期财务状况发生重大影响的事项，以及其他需要说明的事项，经办机构可以根据业务工作需要增加基金当年结余率、农村合作医疗覆盖率、农村合作医疗基金实际收缴率等有关财务分析指标。
编制年度基金财务报告必须做到数字真实、计算准确、手续完备、内容完整、报送及时。
第三十三条 经办机构编制的年度基金财务报告应在规定期限内经卫生部门审核并汇总，报同级财政部门审核后，由同级农村合作医疗委员会批准，批准后的年度基金财务报告为基金决算。
第三十四条 财政部门应逐级上报审核汇总的本级决算和下一级决算。经办机构的年度基金财务报告不符合法律、法规规定的，应予以纠正。
第九章 监督与检查
第三十五条 经办机构要建立健全内部管理制度，定期向社会公布基金收支和结余情况，接受社会监督。
