财政补助收入是指上级和同级财政对新型农村合作医疗基金的补助收入。
其他收入是指社会捐赠资金及经财政部门核准的其他收入。
第十四条 农村合作医疗基金收入中农民个人缴纳的基金收入，按一定比例计入个人帐户基金，具体比例由县级政府确定。其他基金收入全部计入农村合作医疗统筹基金。
第十五条 乡(镇)财政所代收的农村合作医疗基金收入，应按月及时缴入财政社保专户。乡(镇)财政所可设短期收入过渡户，月末应无余额。月末没有及时缴存财政社保专户的，县(市)财政部门委托开户银行将全部基金收入划入财政社保专户。缴存时，须填制银行制发的进帐单或划款凭证(一式多联)，并填写收入项目和具体金额。各有关部门或机构凭该凭证记帐。
第十六条 收入过渡户的主要用途：暂存由乡(镇)财政所代收的农村合作医疗基金收入；该帐户的利息收入以及其他收入等。收入过渡户除向财政社保专户划转资金外，不得发生其他支付业务，只收不支。
第十七条 社会、集体等组织捐赠的药品、器械等物资能及时兑现的，必须兑现转为基金收入；不能及时兑现的捐赠物资，必须单独建帐，登记管理。
第四章 基金支付
第十八条 新型农村合作医疗基金支出管理的原则是“以收定支，保障适度，略有结余，结余留用”。
第十九条 基金要根据农村合作医疗的统筹范围，按照试点县(市)规定的项目和标准支出。任何地区、部门、单位和个人不得以任何借口增加支出项目和提高开支标准。
第二十条 基金支出包括：农村合作医疗基金支出、其他支出。
农村合作医疗基金支出是指按规定支付给农村合作医疗对象的门诊、住院、大额医疗费用补偿等医疗费用支出。
其他支出是指经财政部门核准开支的其他农村合作医疗待遇性质的支出，包括每年一次对农民常规体检的费用等。
第二十一条 县级经办机构应在开设财政专户的国有商业银行设立“新型农村合作医疗基金支出帐户”，用于医疗费用报销结算。“新型农村合作医疗基金支出帐户”，除用于接受从财政社保专户转入的资金外，只支不收。
第二十二条 县级经办机构要根据财政部门核定的基金年度预算及月度收支计划，按月填写财政部门统一印制的用款申请书，并注明支出项目，加盖本单位用款专用章，在规定的时间内报送同级财政部门。
