第六条 基金纳入单独的新型农村合作医疗基金财政社保专户(以下简称“财政社保专户”)，实行收支两条线管理，专款专用，自求平衡，任何地方、部门、单位和个人均不得挤占、挪用、借用，不得用于平衡财政预算。
第二章 基金预算
第七条 基金预算是经办机构根据新型农村合作医疗制度的实施计划和任务编制的，经规定程序审批的年度基金、财务收支计划。
第八条 基金预算的编制。年度终了前，经办机构应按照财政部门规定的表式、时间和编制要求，根据本年度预算执行情况和下年度基金收支预测，编制下年度基金预算草案。
第九条 基金预算的审批。经办机构的年度基金预算草案，由卫生部门审核汇总并报财政部门审核，经县级农村合作医疗管理委员会批准后，由财政部门及时向卫生部门批复执行，并报上级财政和卫生部门备案。
第十条 基金预算的执行。经办机构要严格按批准的预算执行，并认真分析基金的收支情况，定期向同级财政和卫生部门报告预算执行情况。财政和卫生部门应逐级汇总上报预算执行情况，并加强基金监管，发现问题应立即采取措施解决。
第十一条 基金预算的调整。遇特殊情况需要调整预算时，经办机构要编制预算调整方案，由卫生部门报财政部门审核，经同级农村合作医疗管理委员会批准后，由财政部门及时向卫生部门批复执行，并报上级财政和卫生部门备案。
第三章 基金筹集
第十二条 基金按国家规定自愿、按时、足额地筹集。任何地方、部门、单位和个人不得强制收缴、截留和减免。
第十三条 基金收入包括：农民缴费收入、集体扶持收入、利息收入、财政补助收入、其他收入。
农民缴费收入是指自愿参加新型农村合作医疗的农民个人缴纳的资金收入。
集体扶持收入是指乡(镇)、村集体经济组织向新型农村合作医疗扶持的资金收入。
利息收入是指用于新型农村合作医疗基金购买国家债券、转存定期存款和存入银行所取得的利息收入。
