第十三条 新型农村合作医疗基金由新型农村合作医疗管理委员会及其经办机构按职责进行管理。新型农村合作医疗经办机构应在管理委员会认定的国有商业银行设立农村合作医疗基金专用账户，确保基金的安全和完整，并建立健全新型农村合作医疗基金管理的规章制度，按照规定合理筹集、及时审核支付新型农村合作医疗基金。
第十四条 新型农村合作医疗基金中农民个人缴费及乡村集体经济组织的扶持资金，按年由新型农村合作医疗经办机构在乡（镇）设立的派出机构（人员）或委托有关机构收缴，及时存入新型农村合作医疗基金专用账户。农民个人缴费的缴纳方式，原则上采取在农民自愿的基础上先签约，然后委托农税机构在夏粮和秋粮收购时代收。
第十五条 区县（自治县、市）财政补助资金，由区县（自治县、市）财政部门根据参加新型农村合作医疗的实际人数拨付到新型农村合作医疗基金专用账户；中央和市级财政补助资金，由市财政根据各区县（自治县、市）参加新型农村合作医疗的实际缴费人数、区县（自治县、市）财政补助资金到位情况进行核定，对资金及时足额筹集到位的地区给予补助。随着财政国库集中支付制度的健全和完善，中央和市级补助资金将采用直接支付的方式拨付到新型农村合作医疗基金专用账户。
第十六条 新型农村合作医疗基金除主要用于补助参加新型农村合作医疗农民大病（大额医疗费用或住院费用）统筹外，还可用于参加新型农村合作医疗农民的小额费用补偿。各区县（自治县、市）可根据本地实际，合理确定大病统筹基金和家庭账户比例（家庭账户原则上要低于农民个人资金缴纳部分），家庭账户基金主要用于参加新型农村合作医疗农民的门诊小额费用补偿。既提高参保农民的抗风险能力又兼顾参保农民受益面。参加新型农村合作医疗的农民年内没有得到补偿的要安排一次常规性体检。市级财政、卫生、食品药品监管等有关部门将共同制定新型农村合作医疗报销基本用药目录。
第十七条 各区县（自治县、市）要根据筹资总额，结合当地实际，制定新型农村合作医疗实施方案，科学合理地确定新型农村合作医疗基金的支付范围、标准和额度，确定常规性体检的具体项目和方式，防止新型农村合作医疗基金超支或过多结余。
