在本市跨区域经营的直营连锁企业，可按国办发[2002]49号文件规定统一申报缴纳增值税。
对连锁经营企业在本市跨区域设立的直营门店，凡在总部领导下统一经营、与总部微机联网、并由总部实行统一采购配送、统一核算、统一规范化管理，并且不设银行结算帐户、不编制财务报表和帐簿的，由总部统一缴纳企业所得税。对从事跨区域连锁经营的外商投资企业，由总机构向其所在地主管税务机关统一缴纳企业所得税。
实行统一缴纳增值税、企业所得税办法后涉及的地区间财政利益问题，由市财政局确定相关因素制定转移支付办法。
四、减少重复检查，严格收费管理
行政管理机关要依法行政，加强协调，推行联合检查，减少对连锁经营企业的多头和重复检查。要根据连锁经营企业的特点，强化总店的管理责任，并把检查的重点放在总部和配送中心。各有关部门要严格收费管理，规范收费制度，公开收费标准，严禁向连锁经营企业乱摊派、乱收费。
五、深化改革，支持连锁经营企业做大做强
加大国有连锁经营企业改革力度，通过资产重组和结构调整，在市场公平竞争中优胜劣汰。积极培育和发展一批主业突出、管理现代、具有较强竞争实力的大型连锁经营企业集团。鼓励相同业态或经营内容相近的连锁经营企业通过收购兼并、合资合作、特许经营等形式进行资源整合，实现低成本扩张和跨区域发展。支持资产质量好、经营机制规范、成长性强的连锁经营企业上市，增强融资能力和发展能力。对具有一定规模、发展速度较快和经营效益良好的重点连锁经营企业，在信息技术应用、物流配送中心建设和店铺开发等方面，适当给予资金支持。
六、加快物流配送体系建设
积极吸引社会投资发展第三方物流，鼓励传统批发、储运企业改造为专业化、社会化的物流配送企业，构建布局合理、管理技术先进的配送体系，为连锁经营企业商品统一采购和集中配送服务。物流配送企业在商品拆零配送、日配商品加工、商品配货电子化、配送比率和配送效率等方面达到一定水平，经验收合格后给予一定贷款贴息支持。公安、交通、城市管理部门要对连锁经营企业和物流配送企业符合条件的送货车辆提供市区通行、停靠的便利，保证企业的正常经营。
七、发挥行业组织作用
