化工园区面临长江，位于主城区主导风向的上风向，要十分重视环保问题，严格控制对长江的污染物排放和大气污染物排放，不能安排严重有害、有毒的化工项目。在做好区域环境评价的基础上，编制化工园区环保规划和污染物总量控制计划，严格控制进区项目的排放指标。进入化工园区的项目，应当进行严格的环境影响评估，采用先进工艺组织生产，保证污染物排放符合国家和本地有关规定的标准。禁止在园区内设立严重污染环境的项目。结合城区生产力布局调整，做好市区化工、医药企业的搬迁建设工作，努力开创“以新带老、以新促老”的新局面。
制定确保环境安全的预警机制和应急预案，防范环境风险。加强环境基础设施建设，提高污染治理水平。
三、机构设置和管理职责
南京化学工业园区管理委员会（以下简称管委会）是市政府派出机构，负责区内有关行政事务的归口管理。除涉及国家安全、公共安全等事项外，本市各有关行政管理部门涉及对区内的行政管理事项，应当征求管委会的意见。
管委会主要职责包括：制订和修改化工园区发展规划、计划和产业政策；投资项目、土地使用、建设工程审批和管理；协调海关、检验检疫、金融、外事等部门对区内企业的日常行政管理；为区内企业提供必要的指导和服务；完成市政府交办的其他事项。
南京化学工业园有限公司（以下简称有限公司），具体承担化工园区的开发建设和基础设施的管理，承担招商引资和落户于区内项目的报批等事务性工作，并为区内企业、机构提供服务。
南京化学工业园区单独设立金库，实行独立财政核算，设立财政局。化工园区体制范围内的税收按规定所形成的财力和资金使用权归化工园区，由市财政直接结算给化工园区。化工园区体制范围内的增值税、企业所得税、个人所得税、营业税、城建税、房产税、印花税、土地增值税、城镇土地使用税、资源税、车船使用税、耕地占用税除按规定上划中央或上解中央、省财政外，其他税收分成部分全额留给化工园区。对化工园区内企业缴纳的契税，按市留成部分的50%予以分成。化工园区财政体制暂定5年不变。
鉴于高新区持有化工园区50%股份以及政策的延续性，市工商局在化工园区内成立工商化工园区分局，同时增挂市工商局高新区二分局牌子；化工园区范围内企业税收由市国税局沿江分局、市地税局沿江分局代征；成立市环保局化工园区分局；以上分支机构代表市级部门行使行政管理职能。化工园区各项数据统计工作由市统计局比照南京高新技术产业开发区和南京经济技术开发区实施。
