三、省与市、县环境保护行政主管部门要按照国家有关法律法规和规章，建立健全各项规章制度，切实加强排污费征收、使用工作的指导、管理和监督。
省与市、县环境保护行政主管部门的环境监察(监理)机构具体负责排污费的征收工作。征收排污费必须使用省财政行政主管部门统一印制的《海南省政府非税收入一般缴款书》。
四、排污费要严格按照《海南省政府非税收入实行银行代收管理办法》(琼府办[2002]43号)的规定进行管理。省征收的排污费按照1э9的比例划分为中央、省级收入；市、县征收的排污费按1э2．5э6．5的比例划分为中央、省级和市、县收入，省财政行政主管部门将属于省级的收入缴入省级国库，省环境保护行政主管部门将属于中央、市县的收入分别缴入相应级次国库。具体办法由省财政行政主管部门会同省环境保护行政主管部门制定。
根据《
国务院减轻企业负担部际联席会议关于防治“非典”期间对部分行业减免行政事业性收费的通知》 (发改电字[2003]28号)规定，自2003年5月1日起至9月30日对属于中央收入的排污费实行全部免收政策，排污费收入中10％应上缴中央的收入从2003年10月1日起执行。
为了推动污水、垃圾处理产业化，加快城市污水处理厂与城镇垃圾处理场建设进度，城市污水与垃圾运行处理费按照省发展计划厅、省建设厅、省国土环境资源厅《关于印发推进城市污水、垃圾处理产业化发展的实施意见的通知》(琼计投资[2003]389号)执行。
五、排污费的征收、使用必须严格实行“收支两条线”，征收的排污费必须纳入财政预算，一律上缴国库，作为环境保护专项资金管理，全部专项用于环境污染治理。各级财政行政主管部门应将环保机构(包括行政、监督执法、监测、信息、科研、宣传教育、放射性及危险废物管理以及自然保护区管理机构)的人员经费和公用经费列入同级财政预算安排，执法专项业务费按照工作需要予以重点保障，严禁将环保机构的年度经费预算与其征收的排污费挂钩。各级环保机构以2000年在排污费收入中列支的环保机构经费为基数，2003至2005年每年最高可以按基数的75％、50％和25％用于补助环保机构经费；2004年前结存的排污费(含有偿使用基金)由财政行政主管部门与环境保护行政主管部门根据需要用于弥补环保机构行政、事业经费的不足。自2006年起，有关环保机构经费全额纳入同级财政预算安排，不再从排污费中列支。
