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1.卫生部门：负责组织对SARS疫情的监测、分析和报告；向同级人民政府提出启动应急预案的建议；依法发布本行政区域内SARS疫情信息；组织协调医疗卫生机构开展流行病学调查、预防控制、临床诊断、医疗救治和实验室检测工作；提出控制措施和医疗救治方案；向当地政府提出群防群控建议；对医疗废物收集、运送、储存、处置实施监督管理；组织技术人员培训和SARS应急处理的演练；提出经费和药品、医疗设备、防护用品等物资需求计划；督导SARS应急处理工作；开展爱国卫生运动，普及健康教育知识，提高广大群众防病能力。
2.财政部门：制定相关政策，保护医疗卫生机构应急处理SARS的药品、医疗设备、防护物资的购置经费；保证应急处理与日常工作运行经费；对病人诊疗经费和医务人员的保健津贴给予补助；对贫困地区应急处理工作给予财政支持。
3.发展与改革部门：负责将公共卫生基础设施建设列入国民经济和社会发展计划；负责各级疾病控制机构、卫生监督机构、急救中心、传染病医院、传染病病区、发热门诊、隔离病室建设项目的批准立项。
4.公安部门：协助卫生部门及时做好疫点、疫区现场隔离、封锁的治安管理工作；负责交通疏导，保障疫情处理车辆、人员迅速抵达疫区；对病人、疑似病人隔离治疗和密切接触者医学观察不予配合的，依法采取强制措施；负责逃离的病人、疑似病人和密切接触者的追查工作。
5.食品药品监督部门：负责对SARS防治所需药品、疫苗、器械防护用品的质量监督和管理工作。负责对SARS防治所需的药品、医疗设备、防护用品的储备、供应、调拨工作。
6.科技部门：负责SARS的科学研究工作，组织大专院校、科研机构、疾病预防控制机构和医疗机构对SARS病因、治疗药物、诊断、预防药物的科学研究；组织开展跨区域的科研合作与交流。
7.工商、物价和质量技术监督部门：在 SARS流行时，负责对防治药品及相关商品生产、销售和价格监管工作，打击利用防治疾病的名义从事各种违法行为；对趁机制售假冒伪劣药品及相关产品，囤积居奇、哄抬物价、行骗牟利行为依法严肃查处。
8.民政部门：制定低收入人群及进城民工医疗救助政策；负责社会团体、个人捐助经费和物资的管理和使用工作；负责对SARS死亡患者尸体及时、就地消毒火化；负责对殡仪馆工作人员的培训；对因患病致贫的城乡居民给予社会救济。
9.环保部门：负责对医疗废物的收集、运送、储存、处理工作进行监督管理。
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