六、第二十条改为第十九条，修改为：“二级保护区内实现水污染物达标排放仍不能达到本条例第十一条第（二）项规定标准的，应当依法实施重点污染物排放总量控制制度。”
七、第二十二条改为第二十一条。增加一款作为第二款：“因水源性疾病病原体，对饮用水水体造成污染时，环境保护部门应当会同有关部门立即采取措施，查明原因，消除污染。”
八、第二十五条改为第二十四条，修改为：“违反本条例规定，有下列行为之一的，由环境保护部门或者交通部门按照各自职责给予处罚：
“（一）擅自改变或者损坏保护区标志的，给予警告，责令限期改正，逾期不改正的，处以100元以上1000元以下罚款；
“（二）在一级保护区内堆置或者排放、倾倒废渣、垃圾、粪便、废油、残油及其他废弃物，或者向一级保护区内排放污水的，给予警告，并可处以2000元以上5万元以下的罚款；
“（三）在二级保护区最高水位线以下的滩地和岸坡存贮固体废弃物的，给予警告，可处以1万元以下的罚款。
“被处以警告、罚款的单位，不免除其消除污染、排除危害和赔偿损失的责任。”
九、第二十六条改为第二十五条。增加一款作为第二款：“违反本条例规定，在一级保护区内利用船、趸等物体经营餐饮娱乐业的，由环境保护部门责令迁移；拒不迁移的，由县级以上人民政府按照规定的权限责令停业或者关闭。”
十、增加一条，作为第二十六条：“违反本条例规定，在二级保护区内新建、扩建向水体排放污染物建设项目的，由县级以上人民政府按照规定的权限责令停业或者关闭。”
十一、增加一条，作为第二十七条：“违反本条例规定，在二级保护区内设置装卸废渣、垃圾、粪便、油类和有毒有害物品码头的，由环境保护部门责令限期拆除，并可处以10万元以下的罚款。”
十二、增加一条，作为第二十八条：“违反本条例规定，超过国家或者省、市规定的污染物排放标准排放污染物的，由县级以上人民政府责令限期治理，并可处以10万元以下的罚款；逾期未完成治理任务的，由县级以上人民政府按照规定的权限责令停业或者关闭。”
十三、第二十七条改为第二十九条，修改为：“违反国家环境保护法律、法规和本条例规定，造成水污染事故的单位，由环境保护部门或者交通部门按照各自职责，责令其采取有效的处理和补救措施，并按照直接损失的20%计算罚款，但是最高不得超过20万元；对造成重大经济损失的，按照直接损失的30%计算罚款，但是最高不得超过100万元。
