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专题8：人口与健康科技问题研究
主要研究内容：根据全面建设小康社会的宏伟目标，分析我国人口、健康以及医药卫生等领域的现状和国内外发展趋势，重点研究关系到人口、健康以及医药卫生(包括公共卫生、传染病等重大疾病防治和中医药)等领域的重大科技问题，提出科技发展战略、重大科技任务及相关措施。
专题9：公共安全科技问题研究
主要研究内容：针对我国公共安全(主要包括食品安全、信息安全、生产安全、核安全、社会安全、减灾防灾、突发事件和反恐防恐等)的现状与趋势，探讨并提出支撑公共安全及其预测预警的科技发展战略和重点任务，提出加强科技发展对策和相应措施。
专题10：生态建设、环境保护与循环经济科技问题研究
主要研究内容：根据实施可持续发展战略要求，研究生态与环境面临的严峻形势及生态建设、环境保护与经济协调可持续发展对科技发展的总体需求，明确支持生态环境与经济协调发展的科技发展战略、发展目标和重大科技任务，提出系统的对策措施。
专题11：城市发展与城镇化科技问题研究
主要研究内容：根据我国不同地区的发展进程，分析城市发展与城镇化面临的主要矛盾及对科技发展的总体需求，研究相关的科技发展战略、发展目标，提出重大科技任务和对策措施。
专题12：国防科技问题研究
主要研究内容：根据未来战争的特点和国防建设与国家安全的需要，分析我国国防科技发展的现状和国际新军事变革的发展趋势，明确未来国防科技发展的战略目标、重大任务，国防建设急需加强的技术基础和基础性技术以及相关学科发展，研究军民两用、寓军于民技术及其产业发展的战略目标与重点，提出相应的对策措施。
专题13：战略高技术与高新技术产业化研究
主要研究内容：分析国际高技术发展态势，确定信息、生物、纳米与新材料等领域的战略目标与重点，提出重点发展的重大关键技术、系统成套技术和重大科技专项；研究制约高新技术产业化发展的突出问题，提出促进高新技术产业化和高新技术产业开发区发展的对策措施。
专题14：基础科学问题研究
主要研究内容：根据世界科学发展前沿动态与特点，分析我国基础研究现状和问题，明确基础研究的战略目标，提炼重大科学前沿问题和重点发展方向，提出学科发展布局和促进学科交叉融合等的对策措施。
专题15：科技条件平台与基础设施建设问题研究
主要研究内容：从我国科技发展总体布局出发，明确并提出科技条件平台建设的发展目标、重大任务，以及建立共享机制等措施；研究国家大型科技基础设施与基地建设任务，提出重大科学工程项目；研究标准、计量、检测等领域的重大科技问题，提出相关对策措施。
第三部分：科技发展的投入与政策环境研究。重点研究与科技发展相配套的基础条件、政策措施等，如科技投入的增长和保障机制，科技资源的优化配置，科技人才资源的开发与科技普及，科技知识产权的管理，促进科技发展的法制环境建设，研究区域科技发展问题等，为科技发展和规划任务的顺利实施提供条件保障和政策环境。设置五个专题。
专题16：科技人才队伍建设研究
主要研究内容：分析当前我国科技人才队伍的现状及主要问题，研究科技进步与创新对科技人才和教育的需求，比较国内外科技人才政策，研究吸收国外留学人才和利用国内人才的政策，强调学术带头人和团队建设的重要性，提出加强科技人才队伍建设的思路、目标及措施。
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