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专题1：科技发展总体战略研究
主要研究内容：研究国内外科技发展的现状与趋势，分析国际科技合作与竞争、创新与引进的新特点，客观评价我国的科技竞争力和自主知识产权的创造能力；根据小康社会和国家安全的总体科技需求，注意国家需求牵引和学科前沿导向的统一，确定中长期科学与技术发展战略的总体框架、发展目标、指导方针、基本任务、重点布局和战略途径。
专题2：科技体制改革与国家创新体系研究
主要研究内容：回顾和总结我国科技体制改革进程，分析国外国家创新体系建设的经验，研究适应社会主义市场经济、促进军民融合创新、促进知识产权的创造以及促进科技与经济社会和教育结合的体制机制(包括决策、管理、投资及专家作用等方面)，提出未来我国国家创新体系建设的基本框架。
第二部分：科技发展的重大任务研究。围绕全面建设小康社会、国民经济与社会发展、国家安全和可持续发展的迫切需求，筛选出需要科技支撑的战略性问题和重大瓶颈问题，分析各有关领域的科技发展趋势，提出本领域的科技发展战略目标与重大科技任务；依据科技自身发展的规律，从世界众多科技发展前沿中，准确把握和提出对我国未来经济、社会和科技发展产生重大影响的科学问题和战略高技术问题，研究科技基础设施建设问题。设置十三个专题。专题3：制造业发展科技问题研究
主要研究内容：根据走新型工业化道路和信息化带动工业化的要求，分析国内外制造业科技发展现状与趋势，研究并提出我国制造业科技发展的战略重点，提出有关装备等产品制造业(包括军工制造)和冶金、化工等流程制造业以及支撑产业与科技发展的仪器、仪表等方面的重大科技问题，提出相关产业的关键技术等重大科技任务以及提高制造业创新能力与市场竞争力的措施与建议。
专题4：农业科技问题研究
主要研究内容：在客观分析世界农业科技发展趋势的基础上，研究分析我国农业方面当前存在的问题和农业(包括种植业、林业、畜牧业、渔业和农产品深加工等)发展对科技发展的需求，明确新时期我国农业科技发展战略重点、关键技术和重大项目，提出加速农业科技发展的政策和措施。
专题5：能源、资源与海洋发展科技问题研究
主要研究内容：从可持续发展和国家能源安全的要求出发，研究能源(包括化石能源、核能、氢能、可再生能源和节能)、资源(包括油气资源、矿产资源、水资源、土地资源、空间资源以及可再生资源)的开发利用和节约、海洋等领域面临的重大瓶颈问题、科技发展趋势，明确我国能源、资源与海洋开发的科技发展战略和目标，确定重大技术发展方向和重大项目，提出加速发展的措施。
专题6：交通科技问题研究
主要研究内容：根据国民经济与社会发展和国家综合交通运输体系建设的客观需要，研究国家交通事业发展的科技战略、重大科技任务，凝炼国家重大交通基础设施建设的关键技术问题，提出影响交通运营管理智能化和交通运输装备竞争力的关键技术和共性技术，提出加速交通事业科技发展的措施。
专题7：现代服务业发展科技问题研究
主要研究内容：根据国内外现代服务业的发展现状与趋势，分析我国电子商务、电子政务、教育、文化娱乐、物流、金融、旅游、社区服务与安全管理等领域的信息化发展和技术创新现状与趋势，提炼出影响现代服务业信息化发展的重大科技问题，筛选出重大关键技术和重大工程项目，并提出加速服务业信息化的重大措施。
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